| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,542,683 | Δ1 bp | intergenic (+50/‑432) | fimE → / → fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,542,683 | 0 | T | . | 94.3% | 132.7 / 3.2 | 36 | intergenic (+50/‑432) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (11/22); minor base G (1/1); total (13/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
ATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATC‑TCGGGCATCGAAATATTCGCCATACTGTGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC‑CAAA‑C‑TGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATT > NC_000913/4542437‑4542929 | agccTCATATGTTAAGGCTTGCTTGCGGTTATGAATGGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATC‑TTGGGCATCGAAATATTCGCCATACTGTGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTAGTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAT‑GGGGc < 1:379571/249‑1 (MQ=255) 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ATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATC‑TCGGGCATCGAAATATTCGCCATACTGTGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC‑CAAA‑C‑TGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATT > NC_000913/4542437‑4542929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |