| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 169,074 | G→T | E531* (GAA→TAA) | fhuA → | ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 169,074 | 0 | G | T | 98.4% | 202.9 / NA | 63 | E531* (GAA→TAA) | fhuA | ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (37/25); total (37/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
CCGGCAAACTCCGGCCCTTACCGCATTCTGAATAAACAGAAACAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCGTAGAAATCGAAGCGAAAGC > NC_000913/168831‑169309 | ccagCAACCTCCGGCCCTTACCGCATTCTGAATAAACAGAAACAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGt < 1:434783/247‑1 (MQ=255) cGGCATACTACGGCCCTTAACGCATTCTGAATAAACAGAAACAAAAGGGCGTTTATGTTAAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGAAATGGTCACCCTAGGCGGACGTTATGACTGGGCCGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGCCCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAAAGGTGTCACACCTTACTTCAGCTATAGATAATCGttt > 2:376322/1‑251 (MQ=255) aCTCCGGCCCTTACCGCATTCTGAATAAACAGAAACAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCCCCGCGGCCGCTATGACTGGGCAGATCAAGACTCTCTTACCCGCGTTGCCGGGCCGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGCGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACct > 1:188893/1‑251 (MQ=255) cTCCGGCCCTTACCGCATTCTGAATAAACAGAAACAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACctt > 1:309535/1‑251 (MQ=255) 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tGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCg > 1:26240/1‑251 (MQ=255) aTAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTAGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGCAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCGt > 1:29546/1‑250 (MQ=255) aTGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCGTAGa > 1:311286/1‑250 (MQ=255) aTGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAAACTGATGGCGGACCCTGCGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCGTAGa > 2:271672/1‑250 (MQ=255) ggTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGCAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGAAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCGTAGAAAt > 2:278488/1‑251 (MQ=255) aaCACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGGACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGAACGTCCGATTGTAGGTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCATCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCGTAGAAATCGAAg < 2:468620/251‑1 (MQ=255) aaCACCTTACTTCAGCTATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGCTCCGCGCACGTGGCGTAGAAATCGa > 2:127099/1‑249 (MQ=255) tACTTCAGCAATAGCTAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGGGGCGTAGAAATCGAAGCGAAAgg > 2:263785/1‑250 (MQ=255) | CCGGCAAACTCCGGCCCTTACCGCATTCTGAATAAACAGAAACAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAACAACCTGATGGCGGACCCTGAGGGTTCCTTCTTCTCGGTTGAAGGTGGCGAGATCCGCGCACGTGGCGTAGAAATCGAAGCGAAAGC > NC_000913/168831‑169309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |