| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (+589/+167) | rtcR → / ← glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 98.6% | 234.5 / ‑4.4 | 72 | intergenic (+589/+167) | rtcR/glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); major base G (28/42); minor base T (1/0); total (30/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
TCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAAT‑GCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGC‑GCTCTTTTT‑CTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCG‑ATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GC‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCC > NC_000913/3560209‑3560699 | tcttTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAAT‑GCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGC‑GCTCTTTTT‑CTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCG‑ATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑Gcgc > 2:407314/1‑247 (MQ=255) tttcccATCAACGTGTAAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAAG‑GCGCAAATTGGTGTGATTGAGCAGGGCGTGCGCTACCGCTCCCGGCGGGGGGCCGATACCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGC‑GCTCTTTTT‑CTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCG‑ATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGa < 2:216459/246‑1 (MQ=255) tcaCCATCAACGTTTAAGCACCGTTGAGATTTTTGGTG‑CAATCGCGCAATTTGCTGTGATTGAGGAGTGGTTGCGCTCCCGCTGCCGGCGTGGTGCCAATATCAATAAACCGCGT‑CGACCCATTGGGGTTTTGCCCCGCCACTTTGCGGGCGATGC‑GCTCTTTTT‑CTTCGTTCTGGGTGGCCTTGCG‑ATCGGGCCACGGCGTGTTAACGTAGCGGGAAGGCAGCTCCGCACCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGAt < 2:384530/248‑1 (MQ=255) cATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAAT‑GCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGC‑GCTCTTTTT‑CTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCG‑ATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGATCAGGt > 1:250279/1‑251 (MQ=255) 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tCTGGGTGGCCTTGCG‑ATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTAttttcgttt > 2:428245/1‑251 (MQ=255) gtGGGTGGCCTTGCT‑ATCTTGCCACGGTGTGTCAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCTCCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGATCATGTTTTGCGCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCTTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTAttttcttttt < 1:1162/250‑1 (MQ=255) ctgggacacctcgaccttgTGCCACGGTGCGTTAACCGCACACGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGCAGGAGC‑AACAAAC‑GGTTTTGCTACGCCAGCTCATTGAGGTCGCCACGAATAGTCTGAGCGCTGACGGAGAACAGCTCTAACAGCTCTTCGGTACTGACCAACCCCTGCTGCTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATACATCCCTGAAATTCttttcgtttt > 2:519635/19‑251 (MQ=255) gCG‑ATCGTGCCACGGGGTGTTAACCGAACTGGAAGGCGGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGc < 2:222676/251‑1 (MQ=255) ggCCACGGTGTGTGACCCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGAGCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTGCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGGTCGATAATTCCGTTGTGTCGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATcaa < 1:75236/250‑1 (MQ=255) ccACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GCGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATcaaca < 1:438672/251‑1 (MQ=255) 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TCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAAT‑GCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGC‑GCTCTTTTT‑CTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCG‑ATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATG‑GC‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCC > NC_000913/3560209‑3560699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |