| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,329,743 | G→T | D261Y (GAT→TAT) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,743 | 0 | G | T | 98.1% | 193.5 / ‑6.2 | 53 | D261Y (GAT→TAT) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base T (28/23); minor base C (0/1); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTAC‑GCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGA‑CTC‑AGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCG > NC_000913/3329500‑3329956 | aGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTCTACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTAC‑GCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGtt > 2:275856/1‑251 (MQ=255) ccccAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCCGCCAGGTAC‑GCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGACATATGAGTTaaa > 2:370745/1‑250 (MQ=255) ccTGGTTATATGGCCTTTATACGAGTGGCATCTTATCACCCCCTTACGATGTTCAGCCAAGTAC‑GCACTCTCCCCCGTGATTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGGGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGACGGTGCACTACTGAAATCTGGGTTAAAACAGGCggg > 2:129364/1‑251 (MQ=255) ggggATATGGCTTTTATACCCGGTGCCTCTTTTTTCCCCGTTACGATTTTCAGCCCGGTCCCGC‑CCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGATCTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGTATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGt < 2:274079/246‑1 (MQ=255) atatGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTAC‑GCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCAcc > 2:174288/1‑251 (MQ=255) tatcgCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTAC‑GCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCAccc > 2:461464/5‑250 (MQ=255) atGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTCCCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTAC‑GCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTg < 1:275856/251‑1 (MQ=255) 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gATGTTAAGCCCGATAC‑GCACCATCCCCCGTGGTTCTGCCGCAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCAAGGCGACCTGCCCCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCCGA‑CTC‑AGGTTAACGAAc > 2:191375/1‑251 (MQ=255) aGCCAGGTAC‑GCACCCTCCCCCGTGGGTCTGCCCAGGCGCAATACGGCGAACTGGATGGGTTGCCAGGCGACCTGATCCGCTTTACGCGGACGGGTTGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATTAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCGGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGA‑CTC‑AGGTTATCGATCCTTGAAc < 2:180658/251‑1 (MQ=255) gccagttacggtcccTCCCCCGGGGTGCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTTGTGCCAGGCGCCCTGAACCGCTTTACGCTGGCGGGATGCCTGCCACAACGTGCTGGTCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTTCAGGAGGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATAGGAGTTAAAAGAGGCGGGTATCTCCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGA‑CTC‑AGGTTAACGATCCTGGAACg < 2:451888/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |