| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,867,923 | C→T | G277G (GGG→GGA) | nlpD ← | murein hydrolase activator NlpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,867,923 | 0 | C | T | 94.4% | 92.8 / NA | 37 | G277G (GGG→GGA) | nlpD | murein hydrolase activator NlpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (17/17); minor base G (0/2); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAG‑GCGTACTGGT‑TGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGGCGCTGTGACCGTGGTCGCAGTTGGCTTGTTGTTCGGCAACATTTTGTTAGCACTCTGTTCACCCGAAGACTCAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATT > NC_000913/2867688‑2868168 | aaCTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCTCAGAAGCGCCa < 1:273971/251‑1 (MQ=255) 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ccTTGTTGCCTCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAG‑GCGTACTGGT‑TGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGGCGCTGTGACCGTGGTCGCAGTTGGCTTGTTGTTCGGCAACATTTTGTTAGCACTCTGTTCACCCGAAGACTCAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTg < 1:1020/251‑1 (MQ=255) gttgCCTCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAG‑GCGTACTGGT‑TGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGGCGCTGTGACCGTGGTCGCAGTTGGCTTGTTGTTCGGCAACATTTTGTTAGCACTCTGTTCACCCGAAGTCTCAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCATCGGTGGaa < 1:197189/250‑1 (MQ=255) tgCCTCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAG‑GCGTACTGGT‑TGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGGCGCTGTGACCGTGGTCGCAGTTGGCTTGTTGTTCGGCAACATTTTGTTAGCACTCTGTTCACCCGAAGACTCAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAAtt < 2:384972/250‑1 (MQ=255) | AACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAG‑GCGTACTGGT‑TGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGGCGCTGTGACCGTGGTCGCAGTTGGCTTGTTGTTCGGCAACATTTTGTTAGCACTCTGTTCACCCGAAGACTCAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATT > NC_000913/2867688‑2868168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |