| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,780,701 | T→C | N676D (AAT→GAT) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,780,701 | 0 | T | C | 95.7% | 149.1 / ‑2.3 | 47 | N676D (AAT→GAT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (11/33); total (13/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
GTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATTCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACTATTGAGTACAGTGCCAACATCTTTTCCATAAACATCCATTTTGCCGTTGGC > NC_000913/2780454‑2780929 | gtTCCGGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGGGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTg < 2:125382/251‑1 (MQ=255) ttCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATTCTg > 1:324223/1‑250 (MQ=255) ccTGTGACCCTCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGGTAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCC‑GTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACg < 1:360298/251‑1 (MQ=255) gACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGttt < 1:178325/251‑1 (MQ=255) cccGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGc < 1:189675/251‑1 (MQ=255) gcgTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCAGCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCGGTGAACCCCCATTAATAATGAATCCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCTTGAACGGTTTGCGTg < 1:315189/251‑1 (MQ=255) gcgTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTg < 1:151509/251‑1 (MQ=255) 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cGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTcac > 2:109806/1‑251 (MQ=255) gCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCAGTAATAATTGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTGGGAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTTCCTTACCATAATCCTGAACGGGTTGCGTGCGGCCATTGAGGGGTGGTGTCGCTTGTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTc < 1:432017/249‑1 (MQ=255) ccTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTGTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGat < 1:212576/251‑1 (MQ=255) ttCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGGTCACCACTTTCGata < 1:333874/249‑1 (MQ=255) cctcacaTCGAGTGTGCCGCCGTCATTAATCCCCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCTCTCATTAACTCCCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTATGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCGCCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGGCCCGCCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCtt < 2:216142/248‑1 (MQ=255) cgaacattgcgagtgCCACCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAAATACCTGTGAACCCACATTAATAATGGAACCTTCAGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGATGAAGGCCAGAGACGAAATAGGCCTTGATTGACTTACCATAATCCTGAACTGTCTGCGTGCCACCATTAATGTGCGTTTTCTCTGCTGACCCACCATAAACAATTTGTTGACCCCTTTTGATATATGCtt > 2:68073/13‑250 (MQ=255) 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cgccgTCATTCAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGCACCTTTCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGCGACGATATCGGCATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACAATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCCCCATCAACAATTTGTTCACCACTTTAGATATTTGCTTCAGTAGCTCAACCatct > 2:421418/1‑249 (MQ=255) tAAGCCCCGAGTTTGCAGCCAGGCCGCCCTCAGTAACTACCTGTGAACCCCCAGTAATAATGGAAACTTCCGCTGTCCCGTTGTCCATAATTTGGTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATGGATGTGTGTTTTCTCGGTTTACCCACCTTCAACAATTTGGGCACCACGATCGGGATTTGCTTCAGTGGGTAACCCATATACCGTttg < 2:54047/250‑1 (MQ=255) tAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTttg < 1:233259/250‑1 (MQ=255) 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ataatGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGt < 1:309873/251‑1 (MQ=255) ccTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACt < 1:164648/251‑1 (MQ=255) ccTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACt > 1:109110/1‑251 (MQ=255) 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agagACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACTATTGAGTACAGTGCCAACATCTTTTCCATAAACATCCa < 1:315281/251‑1 (MQ=255) agagACGATATCGGTAGTGATTGCCTTGCCAGAATCCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGTGTGCCAGCACTATTGAGTACAGTGCCAACATCTTTTCCATAAACATCCa < 1:90470/251‑1 (MQ=255) gaCGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATTCGTAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCTCTATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTACCACCTTTGATATGTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACTATTGAGTGCAGTGCCAACATTTTTTCCATAAACATCCAttt < 2:324223/251‑1 (MQ=255) gTATTGCTTGCCTTTCCACAATCCTGAACGGTTCGCGGGCCCCCTTTTATTTGTTGTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCTCCACTTTCGAGATTTTCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTCATCAGAAGTGGCACTTGCATATATTGTTTGGATGCCAGCACTAGTGAGGTCAGTGCCAACATCTTTTCCATAAACATCCACTTCGCCGTTGGc < 2:12349/251‑1 (MQ=255) | GTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATTCTGAACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATATACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACTATTGAGTACAGTGCCAACATCTTTTCCATAAACATCCATTTTGCCGTTGGC > NC_000913/2780454‑2780929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |