| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,422,263 | G→A | G186S (GGC→AGC) | yfcH → | epimerase family protein YfcH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,422,263 | 0 | G | A | 93.6% | 138.5 / ‑1.2 | 48 | G186S (GGC→AGC) | yfcH | epimerase family protein YfcH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (26/18); total (28/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.04e-01 | |||||||||||
CACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACC‑GCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCTGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGGGCGGGCCGATTGGCTCTGGTCGGCAGTATCTGGCCTGGATTCATATTGATGATATGGTCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGACCGCCATTCGACTGTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTG > NC_000913/2422021‑2422499 | cACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACC‑GCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCTGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGAGCGGGCCg > 1:324025/1‑251 (MQ=255) cGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGAAACGGGCTATTATGGGGAATAAGGTGATGTGGTGTTTCCCGAAGAGGAACC‑GCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCGGCGTGCCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGAGCGGGCCTAtt < 2:356545/251‑1 (MQ=255) cGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACC‑GCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCTGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGAGCGGGCCGATTGGc > 1:52507/1‑251 (MQ=255) cgcttCGGCACCGGTCTATTTTGGTGACGTGGGTAAAGTGTTGGTTCCCGAAGAGGACCC‑GCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCGGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCGGAGCGGGCCGATTGGCTCTGGTCGGCAgg < 2:192640/247‑2 (MQ=255) 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cAAAGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCTGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGAGCGGGCCGATTGGCTCTGGTCGGCAGTATCTGGCCTGGATTCATATTGATGATATGGTCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCa < 1:173843/251‑1 (MQ=255) aaaGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCTGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGAGCGGGCCGATTGGCTCTGGTCGGCAGTATCTGGCCTGGATTCATATTGATGATATGGTCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCAt > 1:321689/1‑251 (MQ=255) aaGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCTGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGAGCGGGCCGATTGGCTCTGGTCGGCAGTATCTGGCCTGGATTCATATTGATGATATGGTCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATg > 1:217835/1‑251 (MQ=255) 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gCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGAGCGGGCCGATTGGCTCTGGTCGGCAGTATCTGGCCTGGATTCATATTGATGATATGGTCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTc < 1:397793/250‑1 (MQ=255) ggTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCCTGGCCTGAGCGGGCCGATTGGCTCTGGACGGCAGTATCTGGCCTGGCTTCATATTGATGATATGGTCCACGGTATTCTCTGGCTGCTGGCTAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCCTGCGCTGCATCGCCCGGCCCTTTTGCCCGTCCCCGCGCCCGCCATTCg > 2:207218/1‑251 (MQ=255) ttCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGCGCGGGCCGCTTGGCTCTGGTAGGCAGTATCTGGCCTGGATTCATATTGATGATATGGTCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCCATGACCAATTTGCCCATGCGCTCTGTCATGCGCTGCCTCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGCCCGCCCTTCGACTg > 2:271194/1‑251 (MQ=255) 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CACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACC‑GCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGACAAAACGCGAGTGTG‑CCTGCTGCGTACCGGTGTAGTGCTGGCACCGGATGGCGGTATTCTCGGTAAAATGCTGCCGCCGTTTCGTCTTGGCCTGGGCGGGCCGATTGGCTCTGGTCGGCAGTATCTGGCCTGGATTCATATTGATGATATGGTCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGACCGCCATTCGACTGTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTG > NC_000913/2422021‑2422499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |