| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 150,501 | G→A | I151I (ATC→ATT) | yadC ← | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 150,501 | 0 | G | A | 93.3% | 87.3 / ‑1.1 | 32 | I151I (ATC→ATT) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (15/13); total (18/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
CTGTAGGCCTTAAACGAATAAAGGTAATTTGATGAACTGGATAACTGGACTTGCTGATTAAGTGTAGGATCGAAATTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGAT‑ATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCA > NC_000913/150277‑150734 | cTGTAGGCCCTATACGAATAAAGGCAATTTGAAGAACTGGATAACTGGACTTGCTGCTTAAGTGTAGGATCGAAATTAGTATCTGTATAAACTTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCAAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCATTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCAATATAGATTCATGGCGATTGAATGTc > 2:248909/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |