| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 475,884 | C→T | T169I (ACC→ATC) | ybaY → | PF09619 family lipoprotein YbaY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 475,884 | 0 | C | T | 98.0% | 140.6 / NA | 50 | T169I (ACC→ATC) | ybaY | PF09619 family lipoprotein YbaY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (22/26); minor base G (0/1); total (22/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGAAAGCGGTGCGTACTGAAGGTAAACAGTCACCATTCAGCTTTGTTCTGTCATTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTACCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTCGCTGACGCTGTAAATCCGGTCCGGTTAGCGAAATTGTGCCGTGGCGATTAACCACCCGGTGCCAGGGTA > NC_000913/475637‑476130 | cAGAAAGCGGTGCGTACTGAAGGTAAACAGTCACCATTCAGCTTTGTTCTGTCATTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGt > 1:77539/1‑251 (MQ=255) aaGGTAAACAGTCACCATTCAGCTTTGTTCTGTCATTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTAAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAAcc > 1:304670/1‑250 (MQ=255) cAGTCACCATTCAGCTTTGTTCTGACATTTAACCCGGCAGATGCTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGCATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGCA‑CTAAAGCCGCCCTGACATTGGTG‑CCGATACCGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAAATCAGGTGa > 2:43968/1‑250 (MQ=255) tCACCATTCAGCTTTGTTCTGTCATTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATcc > 1:55563/1‑251 (MQ=255) cccATTCAGCTTTGTTCTGTCATTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTTTGTTGATTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATGGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGt < 1:428185/250‑1 (MQ=255) tCAGCTTTGTTCTGTCATTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCg > 1:3438/1‑251 (MQ=255) gCTTTGTTCTGTCATTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGc > 1:155145/1‑250 (MQ=255) 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aTTTAACCCGGCAGATGTTCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCCCCt > 2:376538/1‑250 (MQ=255) cccGGCAGATGTTCAGCCGAGCGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTGAAGGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCACCCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAat < 1:14141/251‑1 (MQ=255) tCAGCCGAACGCGCGTATTCTGTTGAGTGCGGCGATTACCGTTAATGACAAACTGGTATTTATCACCGATACCGTTCAGCCGGTGATCAACCAGTGCGGCA‑CTAAAGACGACCTGACATTGGTG‑CCGGCACAGCAAACATCCGTGCCGGTTAAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGCAACTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTATTCGGCAGTTCCAGCACCTACGccaaattcaacgacg > 2:243587/1‑236 (MQ=255) 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ggTGATCACCCAGG‑CGGAATCTAAAGCGGACTTGACAATGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTAGCGTACCTTCGACTTCACCAACGCAGGGGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAATCGACGTTGACCCTGTCCGCCCGGAGGTGGTTAGTTGTTCCAGCGAGAGCGCTGCAAGTTTAATTGCCCGCTTCCCGagtccaacaca < 2:147806/251‑11 (MQ=255) ccAACCAGGGCGGAA‑CTAAAGCCGCCCTGACTTGGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTc < 2:234333/250‑1 (MQ=255) ggAA‑CTAAAGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCAAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGGGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCCCCTACGCAATATTAAGCGAAGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGATGGTTAGATGTTCCAGCGTTAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGATTCCCGCTACCATCCCACCTTCTGCCATTAAtt > 2:328594/1‑250 (MQ=255) aaaGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTc > 2:326045/1‑251 (MQ=255) aaaGCCGACCTGACATTGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTAACTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTCGGTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGTc > 2:328183/1‑251 (MQ=255) aaaGCCGACCTGACATGGGTG‑CCGGTACAGCAAACCGCCGTGCCGGTTCAGGCCAGCGGTGGCGCAACGACTATCGTACCTTCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACACCTTCTGCCAGTAATGCCTGt < 1:297888/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |