| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,540 | 0 | T | C | 72.0% | 76.7 / 30.2 | 50 | N19D (AAC→GAC) | ybcV | DUF1398 domain‑containing protein YbcV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/8); new base C (23/13); total (29/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGAC > NC_000913/579294‑579782 | aaaCTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTaaa < 2:164297/251‑1 (MQ=255)aaaCTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCGTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTGTTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTaaa < 1:35192/251‑1 (MQ=255) aaCTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTGTTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAAt > 2:298569/1‑251 (MQ=255) tGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTGTTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTaa < 1:151686/250‑1 (MQ=255) 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tCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCaa < 1:252108/250‑1 (MQ=255) aaCACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCCTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAatat > 2:147800/1‑251 (MQ=255) aaCACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAatct > 2:202391/1‑249 (MQ=255) 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gAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATAGAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCTCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATTGCATCCTGATCTATTGGTAAAGCCTTCCATGTGATACGAGGGTGCGTTGTTTGCATTATCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCGTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGtt < 1:428901/251‑1 (MQ=255) aTAGTACATATAAAGTGAGACGTTGTCACGTTTTCGTTCCGGATAAAACAATTACCAGTCTCAATCTTTTCGCACTTGATAGAATATATCTTTACAAATGGAAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGAATTGTCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACATCCTTGTGTTTTGTTGTTGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCACTTAATAGTATTGGt > 2:61153/1‑251 (MQ=255) tAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGATTTAGTTCAGAATAACACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAACAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAAACTTCCATGTGATACAAGGGAGCGTAGTTTGCATTATCATTTTTATCGCTTCACTCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTTATGATTTATGTAAAATATTAGGATAGTTTTCATTTATTAGTATTGGtt > 2:411786/1‑251 (MQ=255) 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aaaaCCATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCCTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCACTTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATAc > 1:348444/1‑251 (MQ=255) aaaaCAATTCACAGTCTAAATCTTTGCGCACTTGATCGAAGATTTCTTTAAATATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAATCCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTTTCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCCTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATAGTAGGAAGGTTTTCACTTAATAGTATTGGTTGCGTATCAAAGTTCGGTCGTGCTGGCATTCTGGTGGGAAATa < 2:260894/250‑1 (MQ=255) aCAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCCTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCACTTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAAc < 1:297143/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |