Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,245,221 | C→G | V517L (GTA→CTA) | cirA ← | iron‑catecholate outer membrane transporter CirA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,245,221 | 0 | C | G | 98.2% | 194.5 / NA | 56 | V517L (GTA→CTA) | cirA | iron‑catecholate outer membrane transporter CirA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (27/27); minor base T (0/1); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
CTGCCCGGTATAGTGCCCAGAAACATAGAATGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATACCGGTATGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGTCTCAAAACCAACAAAGTTTTGGTAGCCCGGTGCAGCGTTGACGTCAGACGTACGGCTGATGCTGATACGATCTTTCACATCGTTACGGAAAACGGTAACGCTGGATTCAACCCCTTCCAGCCAGCCTTCTTCACCCATGTAGTAAAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGC > NC_000913/2244976‑2245466 | cTGCCCGGTATAGTGCCAAGAAACATAGAATGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATAGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCggg > 2:301190/1‑249 (MQ=255) cccGGTATAGTGCCCAGAAACATAGAATGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTATTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATgc > 2:38687/1‑251 (MQ=255) cAGAAACATAGAATGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAgcg < 1:26325/251‑1 (MQ=255) cAGAAACATAGAATGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAgcg < 2:184657/251‑1 (MQ=255) aaCATAGAATGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAGCGCCCg > 1:356158/1‑251 (MQ=255) aGAATGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGtctc < 1:317952/250‑1 (MQ=255) aTGACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGTCTCaaa > 2:270671/1‑250 (MQ=255) gACCAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTAAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGCCCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGACTTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGTCTCAAAAcc > 1:56905/1‑251 (MQ=255) ccAGTCTTCCAGCGCCAGCGGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGATCGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCCCGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGTCTCAAAACcaa < 1:85390/251‑1 (MQ=255) gcgccagcgGTTTCCAGTCCAGCGTACCGTTAGCAGTATGGAACGGCAGATCGGATAGCGGTTTGTTTTCGCCGTTGCTGACATCACGACCATCGTTGTAGGTGTAGTTGATCGACAGTTTCCATTCATCGTTGAACGGAATTTTCAGTTCGGTTTCCACGCCCTGAATACGAGCTTTGTTAACGTTGTAGTAGCTAAATAGCGGTATGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGTCTCAAAACCAACAAAGTTTTgg < 1:260071/251‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |