| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 81,102 | G→A | S286L (TCG→TTG) | leuB ← | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 81,102 | 0 | G | A | 97.8% | 138.0 / NA | 46 | S286L (TCG→TTG) | leuB | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (26/18); minor base C (1/0); total (28/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
ATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCGAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTT > NC_000913/80866‑81331 | aTTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCCCGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGGGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGGTATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCggg > 2:329947/1‑250 (MQ=255) acacCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTc > 1:220110/1‑250 (MQ=255) tCTGCTACATCGCGGGCAATGATATCGACCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAACTACCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCCTCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCCGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGGGCAATCGGGTTGGCGGTGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCAGGGTCCTACAGTcc > 2:279681/1‑251 (MQ=255) tCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGTCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTcc > 1:410067/1‑251 (MQ=255) gCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGtt > 2:260425/1‑251 (MQ=255) gccccATTCCATCGGTACTACCGGCGGCAGCGCCCCGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAAGGGCGCGTTCAAGGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCGGGGTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATTTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGc < 2:175228/248‑1 (MQ=255) ccATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCCGCAGCCGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCCATCGGGGTGGCGATGGTTTTGCCT‑GCGATCTCTGGGGCCAAGCCGCCCCCCGGGTTATACAGTCCAAAACCTTGCTTGGTCAGGGTGGCGGa > 2:320542/1‑250 (MQ=255) ttCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGc > 1:96339/1‑250 (MQ=255) cATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCCAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAAACTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAAc > 2:10905/1‑251 (MQ=255) gTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGGGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTTAGGGCGCGTTCGATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCCGTG‑CCAGCGAAATGCTTTGGGCAATCGGGCTGGCGATGTTTTTGCCT‑ACGCTATCTGGGGCCACGCCTCCCGCCGGTTCATACCTTCCCAAACCGTGCTCTTTCCGGCGGGCCGACGGCAACCTccc > 2:151564/1‑251 (MQ=255) gTACTAACGCCGCCAGCGCCCCGGCCTAAACCCCGGGTGCGAAGGCCTTCTTCAAATGCGGGGTTAATGGCGCGTTAATTGGCGAAG‑GCCGCATCATCGGCCGCCAGGCTGTAACGCAGCAGCATGG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGTTGTTTTTGCCG‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATccc < 2:252958/251‑1 (MQ=255) gcgcCTCGGGTTAAACCCCCGGTGCGAATGTCTCTTTCTAATGCGCGTTTAATGGCGCGTCAAAGGGCGCAA‑CCCGCATCATCGGCATACAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCAAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTTCCT‑GCGTTATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGAt < 1:11918/251‑1 (MQ=255) cgcCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCGTTTTCTAATGCGCGTTTAAGGGCGCTTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTACCGCAGCAGCAGTG‑CCGGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCGGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATc < 1:428402/251‑1 (MQ=255) 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tctAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAAc > 1:72068/1‑249 (MQ=255) aggcgcGGTTAAGGGCGCGTTAAAGGGCGCAA‑CCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGTTTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTg < 2:47769/249‑1 (MQ=255) gTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGATGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGcac > 1:38925/1‑250 (MQ=255) 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aaTGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGCAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACt > 1:385993/1‑251 (MQ=255) ggCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACtgtg > 1:94924/1‑251 (MQ=255) aa‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGAAGCAGCAGTA‑CAAGCGACAGGCTTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCGAGCAGCACGCCGGCTAATAAAGTCCAAAACCTTGATCGTTCAGGCTGGCGGAAGGAAACATCCCCATCGCGCTAGTGATCACTGCGCACTCGTTAGACAGAATGGCGCCAAACAGGGTGGAGCACAGCAGAAc > 1:449433/1‑235 (MQ=255) cgccATCCAGGCTGTACCGATGCAGCAGGG‑CCAGCGAAAGGTTTTGTGCAATGGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGTTTTCTGTTGCCAAGCGGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGc < 1:28128/248‑1 (MQ=255) gTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACCGGTTGAAGCACAGCAGAACGTCCAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGt > 2:50946/1‑251 (MQ=255) aaCGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGCTTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTg > 2:430223/1‑251 (MQ=255) ccgctgcgtggtgcccAGGGAAAGGTTTTGTGCAAGCGGGTGGGCGATTTTTGTGCCT‑GCGATAGCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATTCAGTCCAAACCCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGAACTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGt < 2:29875/237‑1 (MQ=255) cGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTc > 1:185978/1‑251 (MQ=255) cGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGAAAGGGGGTTGGCGAT‑TGTTTGGCTCGCGATATCGGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTc < 1:332921/251‑1 (MQ=255) cGCAGCAGCAGGG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTc < 1:279681/251‑1 (MQ=255) gcagcagTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGTTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATg < 1:66839/251‑1 (MQ=255) ccgctattgtcAGCGAAAGGGTTTGTGCAATCGGGTTTGCTATGTTTTTGCCT‑GCAATATGTGGTGCCACGCCTCCCGCCGTTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCTGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTTGCGTTGTCGAtt < 2:67793/241‑2 (MQ=255) agcagTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGt > 2:76987/1‑250 (MQ=255) tG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACatat > 1:292326/1‑251 (MQ=255) gCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGTTCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACCGCAGAACGTCAACCTGGGATGGGTCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGGACATATGCGcc > 2:112624/1‑251 (MQ=255) 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ggCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTACAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCCGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACCGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTgg > 1:181107/1‑251 (MQ=255) ttttGCTT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGAtctc < 1:383651/250‑1 (MQ=255) tGCCT‑GCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGtt > 1:395987/1‑250 (MQ=255) | ATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAA‑GCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTG‑CCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCT‑GCGATATCTGGTGCCGAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTT > NC_000913/80866‑81331 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |