| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 332,991 | 0 | G | T | 34.3% | 26.9 / 10.6 | 35 | L207F (TTG→TTT) | pdeL | DNA‑binding transcriptional regulator/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/14); new base T (12/0); total (21/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTT‑GGCAG‑CGGG‑ATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCT‑CGAGCTAACGGAACGTAACCCTATT‑CCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGC > NC_000913/332752‑333238 | ccGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCGGGGAACAGCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGTATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCGGCCGGACAATTTCCATATGGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTT‑GGCAG‑CGGG‑Att < 2:253654/251‑1 (MQ=255)ccGGTTTCCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCATCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGTCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTT‑GGCAG‑CGGG‑Att < 2:314468/251‑1 (MQ=255) gcAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCCAG‑‑GGG‑GTTTGGAAAAGAgtgtg > 1:9419/1‑250 (MQ=255) gTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCTGCTGGGAACATCCACACACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTT‑TGCAG‑CGGG‑AGTTGAAAAAGAGAGTCTGAACCTggg > 1:280883/1‑250 (MQ=255) 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ttt‑GGCAG‑CGGG‑ATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTATTAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCT‑CGAGCTAACGGAACGTAACCCTATT‑CCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGc > 2:441608/1‑251 (MQ=255) | CCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTT‑GGCAG‑CGGG‑ATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCT‑CGAGCTAACGGAACGTAACCCTATT‑CCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGC > NC_000913/332752‑333238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |