| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,600,390 | G→A | Q132* (CAG→TAG) | rpoH ← | RNA polymerase sigma factor RpoH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,600,390 | 0 | G | A | 93.3% | 141.8 / ‑0.7 | 46 | Q132* (CAG→TAG) | rpoH | RNA polymerase sigma factor RpoH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (17/25); total (19/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
CGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCACTGCTTTCATCAGGCCGATGTTACCTTCCTGAATCAAATCCGCCTGTGGCAGGCCATAGCCCGCATAATTACGAGCAATATGAACAACAAACCGCAGGTGAGACAGGATCAGCG > NC_000913/3600153‑3600629 | cGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTc > 1:59128/1‑251 (MQ=255) gTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCg > 2:53991/1‑251 (MQ=255) ttATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGcc < 1:95881/250‑1 (MQ=255) ccTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCTTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCCTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTa < 1:118556/251‑1 (MQ=255) 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ccTGGGCCGCCATTCGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCATGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGACCGTATGCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGTCGAAGTAGACCAGGCGCACACCCTCTTcc < 2:273756/251‑1 (MQ=255) gATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCAc > 2:245646/1‑251 (MQ=255) ccATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCACTGc < 2:42312/250‑1 (MQ=255) 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cgctacgctTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCACTGCTTTCATCAGGCCGATGTTACCTTCCTGAATCAAATcc > 2:109512/1‑171 (MQ=255) cgctacgctTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCACTGCTTTCATCAGGCCGATGTTACCTTCCTGAATCAAATcc < 1:109512/171‑1 (MQ=255) | CGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCACTGCTTTCATCAGGCCGATGTTACCTTCCTGAATCAAATCCGCCTGTGGCAGGCCATAGCCCGCATAATTACGAGCAATATGAACAACAAACCGCAGGTGAGACAGGATCAGCG > NC_000913/3600153‑3600629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |