| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,396,373 | C→T | T103T (ACC→ACT) | amiB → | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,396,373 | 0 | C | T | 97.2% | 240.6 / NA | 72 | T103T (ACC→ACT) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (42/27); minor base G (0/2); total (43/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGA‑GTTTTA‑TTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACCGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTAC‑GGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCAGCGCGCGC > NC_000913/4396128‑4396615 | gCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGA‑GTTTTA‑TTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTGGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACTGaaaa < 2:64168/251‑1 (MQ=255)gCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGA‑GTTTTA‑TTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTGGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACTGaaa > 1:64168/1‑250 (MQ=255) tGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGA‑GTTTTA‑TTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGGGGTCGCTCTTACTGAAAACGGTAAAACCGa > 2:212431/1‑249 (MQ=255) gTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGA‑GTTTTA‑TTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCg > 1:17917/1‑251 (MQ=255) 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GCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGA‑GTTTTA‑TTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACCGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTAC‑GGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCAGCGCGCGC > NC_000913/4396128‑4396615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |