| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,143,377 | C→T | S283L (TCA→TTA) | frwC → | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,143,377 | 0 | C | T | 97.5% | 134.1 / ‑2.7 | 40 | coding (848/1080 nt) | frwC | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (16/23); minor base . (0/1); total (16/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
GATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCG‑GTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAA > NC_000913/4143144‑4143617 | gATTTGCGTTGCTTGGGGTTTTTATCCCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTGGGCGTTACTGAAGGGGCGAGTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCG‑GTTTAGTTTGTGGTGCAGt < 2:224974/249‑1 (MQ=255)gATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGAGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCG‑GTTTAGTTTGTGGTGCAGt < 1:147134/249‑1 (MQ=255) cAGGGTGTTTATACCGTGGGGGCCATCGCTGCCGGGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCG‑GTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTgg < 2:196194/250‑1 (MQ=255) gggTGTTTCTACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCG‑GTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTggccg > 2:147190/1‑248 (MQ=255) 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GATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCG‑GTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAA > NC_000913/4143144‑4143617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |