| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,143,377 | C→T | S283L (TCA→TTA) | frwC → | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,143,377 | 0 | C | T | 96.5% | 177.4 / ‑3.4 | 57 | S283L (TCA→TTA) | frwC | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (17/38); total (18/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
CTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGC‑AGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGA > NC_000913/4143135‑4143616 | cTTCATGCTGCTTTGCGTTGCTCAGGGTGGTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTCGTTtgtg > 2:183083/1‑251 (MQ=255) ttCAAGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGATGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGAGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGGAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGAGGTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTgtgg > 2:373252/1‑251 (MQ=255) cATGCTGCTTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATCCCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGCAGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGCAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGCGTTGGCGTTACTGAAGCGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTgtggtg > 1:263184/1‑251 (MQ=255) cATGCTGATTTGCGTTGCTCAGTGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGTTATTTGTATCCCGCCGCTGGGTATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGTGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGTGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTTCTTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTgtggt < 1:433352/250‑1 (MQ=255) gCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAg < 1:109012/251‑1 (MQ=255) tGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGt > 1:113470/1‑250 (MQ=255) gATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCTATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGTTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTGTCGCCGCGGCCGATCCGCTGCGTGTCATGCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTaa < 1:52736/251‑1 (MQ=255) tttGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGACAATCGTCTCCCGCCGCTCGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTACGCAGACGAGCGCGAAACCGGCCAAGAGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACt > 1:429966/1‑251 (MQ=255) tGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTg < 1:157038/250‑1 (MQ=255) tGCTCAGGTTGTTTATACCGTGGTTGCCATCGCTGCCTTGGTTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTTGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCTGCAAAGCGGCGCTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTGACTGAAGGTGCGATTCCTTTCGCCGCGGCCGATCCGCTTCGTTTCATGCCGTCCTTCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTgcggcg < 1:198443/250‑1 (MQ=255) 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cGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTc > 1:103534/1‑251 (MQ=255) gTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCt < 2:103534/251‑1 (MQ=255) ccccGCCGCTGGGGTTGGGGCGGGCGACGCTGATTTGTCGTAAAAAGTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTTTGCTGCCg < 2:347773/250‑1 (MQ=255) 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aTCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGC‑AGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCtggatttg < 2:398493/251‑1 (MQ=255) tGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGC‑AGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGAtttt > 1:351701/1‑251 (MQ=255) tGCGTGTCATTCATTCCATCATGGTAGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGACGCTGGTCGGTGCGAAGTGCTATGCAGGCTGGGGCGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCACGCTGGGTTATATCGCAGC‑AGTGGCTGTCGGAGGCGTGGTGGCGGACGTTTGTGTGAACGAACTGACAAGACGGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCaggatttgactttt > 2:411207/1‑245 (MQ=255) gtCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGC‑AGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGaaa < 2:143485/250‑1 (MQ=255) catGGTCGG‑TTTAGGTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGC‑AGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGa < 2:104488/251‑1 (MQ=255) | CTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGG‑TTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGC‑AGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGA > NC_000913/4143135‑4143616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |