| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,287,323 | C→T | noncoding (6/85 nt) | tyrV ← | tRNA‑Tyr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,287,323 | 0 | C | T | 92.9% | 30.0 / ‑6.2 | 14 | noncoding (6/85 nt) | tyrV | tRNA‑Tyr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (5/8); total (6/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
AGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTT > NC_000913/1287079‑1287564 | aGGATTACGCTGCGCCGCTCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTccacca < 2:228538/251‑1 (MQ=255) ccacggcTGCGCGCTTCGCGCTGCGGGGCGTTGCCTGCGGTAACGGTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCTAACCGTGGTCGAATCTTCTGATCCTTCCCCGCAGGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAATTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAAt < 2:411323/246‑1 (MQ=25) ggCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGAGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGCGATGGAGGTggggg > 1:285458/1‑250 (MQ=255) tCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCa > 1:14144/1‑250 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGACGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCCCGc > 2:106519/1‑251 (MQ=255) atTTAATTGAGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTACCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCATATTTACCGGCAATGCTTGTTATCGTGGTGGGGGACGGATTATTCGTCGCTTCGCTACTCACTCTTCGGGCCGGTGCCTGTGGCTAGGTGCTCTCGCTTTCGCtcga > 2:414552/1‑250 (MQ=21) aaattagcgcttagtattaaggTTCAGGTATTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGTAAGTATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCGCCCTTTGGCCGCTCGGGAAATCCGCCAGGGGTAATACATATTGTGAGGTTATGCTAGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCtcgaatc < 2:212887/229‑1 (MQ=25) cGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAATTTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGAGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTAGAATCGAACCTTAGt > 1:236445/1‑248 (MQ=255) ggttggggAAGGAGTCGCACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGTTTTCAAGGCTGCTCCCGTCGGCCGCTCGGTAACTCGAGCAGTGGTATGTCAAATTCGGAGGTATTGCTAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACttt < 2:360421/246‑1 (MQ=255) aGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTGCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCa < 1:368489/251‑1 (MQ=255) ttaaaGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTAtgg < 1:106519/246‑1 (MQ=255) cTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGa > 1:77371/1‑250 (MQ=255) ggCCTCTCGGGAACTCCACCAGGAGGAATTCAAATTGTGAGTTCATGCTTGAGATGGTTGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGa < 1:37352/251‑1 (MQ=255) cGGGAACTCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCtt < 1:183588/249‑1 (MQ=255) | AGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTT > NC_000913/1287079‑1287564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |