| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,040,126 | G→T | L277L (CTG→CTT) | appB → | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,040,126 | 0 | G | T | 97.9% | 146.3 / NA | 48 | L277L (CTG→CTT) | appB | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (21/26); total (21/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTAC > NC_000913/1039883‑1040372 | tCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTgt > 1:2553/1‑250 (MQ=255) gtctgctgtCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTTCACTGTTGGTGATGCTGTTCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGTTGTGTGTCGGTATTGATTGGTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAGTCTGTTTAAGAAACTGTGGGCAGTGCGATCTTGTGCCTGGATGAATAATTGTTTCGAGTCGCTCTTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCGGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGAt < 1:345762/242‑1 (MQ=255) tGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGGTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTAACTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGGGATGGCg > 1:139287/1‑251 (MQ=255) gCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTTCTTTTTGCTGGCGGGTTTCTGGCTGTAGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTGCAATCCGTGAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCg < 1:375830/250‑1 (MQ=255) cGTTCACAGCTGGCGACCAGTCGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCTGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTTCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCTTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTTCTGTGATGGCgtt < 2:84170/251‑3 (MQ=255) gTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCAATGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGGTGGCGTTGTACTGCTCGCCCAGGGTGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCATGGATGAATAATTTTTTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGGGATGGCGAtt > 2:330079/1‑251 (MQ=255) tCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGAtttt > 1:191726/1‑250 (MQ=255) cTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTgg > 1:198685/1‑251 (MQ=255) gACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGGCGGGATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAAAGGTCCTTCCAAACCGTTAATGAAACTGGGGGCAGAGCTACCTGGAGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGAGCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGGGAAGGCGGATTATCGTGGTCGcc > 1:240670/1‑251 (MQ=255) gACCAAACGCGCTGCACTGTGGGTGATGCTGTGCTTTTGGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTTATGGCGATTTATCGTGGTCGcc < 2:384083/251‑1 (MQ=255) 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tATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGCGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGc > 1:403046/1‑251 (MQ=255) cTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCt > 1:402547/1‑251 (MQ=255) gTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGTTCCTTCCAATCCGTTAATGATACTGTTGGCCGTGCTACCTTGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCTAGTCTCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTCCGTTGATGGCGATTTATCGTTGTCGCCCGGGTTTGGGATTTTTGATGGCATCCTTTAT‑GCAATTTGGC‑GTAATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTg < 2:83824/250‑1 (MQ=255) ccAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCaa < 1:209013/251‑1 (MQ=255) ggATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGTTTTTTGAGGGCA‑CATTTATTGCA‑TTTGGCTGTGATTTTCCCGGCAGGCATAAGGCTGTTCCCTTTTTTAATCCCGTCAAGCg > 1:361942/1‑251 (MQ=255) gATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATTGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTTTCATGCCGTCAAGCGt > 2:112657/1‑251 (MQ=255) ggccTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTTCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTGCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCAGTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGGCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGAtc < 2:409097/249‑1 (MQ=255) ccAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGGGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAg < 2:198685/250‑1 (MQ=255) cGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTTCCCGTTGTCAGGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACg < 1:273841/251‑1 (MQ=255) ttAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCACCCTgccggt > 2:154637/1‑246 (MQ=255) gtggCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTAc < 1:330079/251‑1 (MQ=255) gCTACCTGGTGCCTGGATGAATATTTTTTTCGAGTCGCCCGTTTTGTGTATCTTCCCGCTGCTGGGTTTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGTTTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GGGATTTTCACGGCAGGCATCTCGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTTACGTTGTGGTACATTACTTCCAGTc < 2:240670/251‑1 (MQ=255) 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2:259056/153‑1 (MQ=255) taatTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCAt > 1:259056/1‑153 (MQ=255) gtGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTTAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGTCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACGTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTa < 1:180607/250‑1 (MQ=255) tGTCGAGTCTCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGTGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGTCAGGCATCTCGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCTTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGTGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTgtta < 1:180600/250‑4 (MQ=255) 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tCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCa < 1:181239/246‑1 (MQ=255) cggctgGGATTCTTCTGCCAATTGCTTCTGGTGATGGCGATTTATCGTGGGCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGAGGGCATAATTTAT‑TCAATTTGGC‑GTGATTTTCCCGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCTTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTCCTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGct < 2:402547/249‑1 (MQ=255) cccATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTAACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTATCTGGAGct > 1:284429/1‑251 (MQ=255) tGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGGGTTGCTCTTCACTCTCTGGAGgtactcc > 2:95587/1‑249 (MQ=255) | TCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGAT‑GCAATTTGGC‑GTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTAC > NC_000913/1039883‑1040372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |