| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,612,194 | G→A | E110E (GAG→GAA) | yhhT → | putative transporter YhhT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,612,194 | 0 | G | A | 96.6% | 185.7 / NA | 61 | E110E (GAG→GAA) | yhhT | putative transporter YhhT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (24/33); minor base C (2/0); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
ACGCAGCGGCAGATATCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAGATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATCCACAGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGG > NC_000913/3611947‑3612439 | aCGCAGCGGCAGATATCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGCTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATg > 2:213190/1‑251 (MQ=255) gCAGCGGCAGATATCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGtt < 1:431815/251‑1 (MQ=255) ccgCGGAAGATATCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCTTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTg < 2:387165/249‑1 (MQ=255) aGCGGCAGATATCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGc > 1:487346/1‑251 (MQ=255) cGGCAGATATCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCt > 2:242235/1‑251 (MQ=255) cGGCAGATATCAATGTGCAGCTGTACCTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCATCACCTGGTTTCTTAGTCGGGGAGTACAACGCACCGTTGCCATTACGATTGGAGTGGAGGTGATGCTGATCGCACTCAACGCGCTAGTCGGCGAACTGGAGGCATACGTT‑AACGAATTTGAATCTGTGGTGCAGGAGTTTAATTAGGAGCTTACGCGCAAACTTATTACATTGCATGACATGTTGCCt > 2:462711/1‑251 (MQ=255) atatCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCtt < 2:197318/251‑1 (MQ=255) 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ccgggTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACGCGGAAAAAGTGGTTAcc < 2:193747/248‑1 (MQ=255) aTTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTcaccac > 2:398904/1‑251 (MQ=255) cgtcgGGGAGTACAACGCCACGTTGCCATTACGCTTGTAGAGGAGGCGATGCTGAACGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGACATTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGCAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGGAAAAGTGGTTACCTTtaccaccgc > 2:493709/1‑248 (MQ=255) 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ctATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGttt < 2:123950/247‑1 (MQ=255) ctgcCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAACCTTTTTAAATTGCAGGAGATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGa > 2:263760/1‑250 (MQ=255) aaGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATcc < 1:99521/251‑1 (MQ=255) aataaGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATCCACAGa < 1:436421/250‑1 (MQ=255) taaGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATCTACAGATTc > 2:7702/1‑251 (MQ=255) aGGAGATGACGCGCCAACGTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGCAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGACTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTTAATAATCCACAGATTcac > 2:423078/1‑251 (MQ=255) gACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATCCACAGATTCACATCGCgg > 1:470169/1‑251 (MQ=255) gcAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGttttt < 2:444986/173‑1 (MQ=255) gcAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGttttt > 1:444986/1‑173 (MQ=255) gcAAACTTTTTAAATTGCAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATCCACAGATTCACATCGCGGGATTa < 1:242235/251‑1 (MQ=255) cAGGAAATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATCCACAGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAgg < 1:365944/251‑1 (MQ=255) | ACGCAGCGGCAGATATCATTGTGCAGCTGTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT‑CGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAGGAGCTGACGCGCAAACTTTTTAAATTGCAGGAGATGTTGCCTTTTCTTAATTTGCATATGTCGCCGGAGCGAATGCTGCAGCGGATGGACTCGGAAAAAGTGGTTACCTTCACCACAGCGCTAATGACCGGGCTTTCCGGGGCAATGGCGAGCGTGCTTTTGCTGGTGATGACCGTAGTTTTTATGCTGTTTGAAGTGCGCCACGTCCCTTACAAAATGCGTTTTGCGCTGAATAATCCACAGATTCACATCGCGGGATTACACCGCGCACTTAAAGG > NC_000913/3611947‑3612439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |