| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,600,390 | G→A | Q132* (CAG→TAG) | rpoH ← | RNA polymerase sigma factor RpoH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,600,390 | 0 | G | A | 98.9% | 316.1 / NA | 91 | Q132* (CAG→TAG) | rpoH | RNA polymerase sigma factor RpoH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (45/45); minor base C (1/0); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCACTGCTTTCATCAGGCCGATGTTACCTTCCTGAATCAAATCCGCCTGTGGCAGGCCATAGCCCGCATAATTACGAGCAATATGAACAACAAACCGCAGGTGAGACAGGATCAGCGTTTTA > NC_000913/3600161‑3600634 | aaGTTAGATGATTTATCCGGCAGATAGAGAACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACttt < 2:89401/251‑1 (MQ=255) aGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCCTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg > 2:25974/1‑251 (MQ=255) ttAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCttt < 2:446039/233‑1 (MQ=255) ttAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCttt > 1:446039/1‑233 (MQ=255) 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(MQ=255) cgtcgGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCg > 1:474465/1‑251 (MQ=255) gtcgGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCg > 1:300305/1‑250 (MQ=255) ggAAGACAGGTCAATGGTCATGGCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGTTTACGCCCAGTTCACGGACCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACTCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTACGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAgg > 2:81663/1‑251 (MQ=255) 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AAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGAACGTATTCGTGGATCTCTGCTTTGATCCAGTGAACGGCGAAGGAGACCAGGCGCACACCCACTTCCGGGTTGAAACGGCGCACTGCTTTCATCAGGCCGATGTTACCTTCCTGAATCAAATCCGCCTGTGGCAGGCCATAGCCCGCATAATTACGAGCAATATGAACAACAAACCGCAGGTGAGACAGGATCAGCGTTTTA > NC_000913/3600161‑3600634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |