| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,366,433 | G→A | G295D (GGC→GAC) | puuE → | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,366,433 | 0 | G | A | 96.8% | 89.5 / NA | 31 | G295D (GGC→GAC) | puuE | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (15/15); total (15/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGGCACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCA > NC_000913/1366188‑1366650 | cAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGTTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACAcc < 1:300248/250‑1 (MQ=255) 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CAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGGCACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCA > NC_000913/1366188‑1366650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |