| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,113,668 | C→T | G30G (GGC→GGT) | yceK → | DUF1375 domain‑containing lipoprotein YceK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,113,668 | 0 | C | T | 96.5% | 82.8 / ‑6.0 | 29 | G30G (GGC→GGT) | yceK | DUF1375 domain‑containing lipoprotein YceK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (14/14); minor base G (1/0); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
GATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATCGTTCCTGCAATTTATTGATTTTGCAAGACTTTGTGGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAACAACGAGCCAATAAAAATACCGGCGTTATGCCGGTATTTTTTTACGAAAGAGGTATCAAATGCGTTTAATTGTGGTGAGCATCATGGTGACCTTGCTGAGTGGCTGTGGCAGCATTATTAGTCGCACTATACCGGGGCAGGGGCATGGCAACCAATATTATCCCGGTGTGCAATGGGATGTGCGTGACTCCGCCTGGCGTTATGTCACGATCCTTGATCTGCCATTCTCTCTGGTTTTTGATACTTTACTGCTGCCGATCGACATTCATCATGGCCCGTATGAGTGATTAACGTTCATCCCACTCATCAGCTGCTGCGCGTCCTTCCTCGGTATCCAGCGGTGGCTCAAGCTGAAATTCCCCCTCGTCCCATTCATGTAATGTATTC > NC_000913/1113421‑1113906 | gATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATCGTTCCTGCAATTTATTGATTTTGCAAGACTTTGTGGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAACAACGAGCCAATAAAAATACCGGCGTTATGCCGGTATTTTTTTACGAAAGCGGTATCAAATGCGTTTAATTGTGGTGAGCATCATGGTGACCTTGCTGAGTGGCTGTGGCAGCATTATTAGTCGCACTATACCGGGGCAGGGGCATGGTAAc > 2:424766/1‑251 (MQ=255) tATCAGTCCTACATCGTTCCTGCAATTTATTGATTTTGCAAGACTTTGTGGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAACAACGAGCCAATAAAAATACCGGCGTTATGCCGGTATTTTTTTACGAAAGAGGTATCAAATGCGTTTAATTGTGGTGAGCATCATGGTGACCTTGCTGAGTGGCTGTGGCAGCATTATTAGTCGCACTATACCGGGGCAGGGGCATGGTAACCAATATTATccc < 1:266152/250‑1 (MQ=255) aTTTATGGATTTCTCAAGTCTGTGTGTGTCGTATAAGGCGTCCACGCCGCACCCGGCAAAAACAACTAGCCAATAAAAATACCGTCGTTATGCCGGTATTTTTTTACGAAAGATTTATCAAATGCGTTTAATTGTGGTGAGCATCATTGTGACCTTGCTGAGTGGCTTTGGCAGCATTATTAGTCGCACTAGACCGGGGCAGGTGTTTGGTAACCAATCTTATCCCGTTGTGCAATGGTTTGTGCGTGAca < 2:34503/251‑2 (MQ=255) ttGTGGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAACAACGAGCCAATAAAAATACCGGCGTTATGCCGGTATTTTTTTACGAAAGCGGTATCAAATGCGTTTAATTGTGGTGAGCATCATGGTGACCTTGCTGAGTGGCTGTGGCAGCATTATTAGACGCACTATACCGGGGCAGGGGCATGGTAACAAATATTATCCCGGTGTGCAATGGGATGTGCGTGACTCCGCCTGGCGTTATGTCACg > 2:160913/1‑250 (MQ=255) 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GATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATCGTTCCTGCAATTTATTGATTTTGCAAGACTTTGTGGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAACAACGAGCCAATAAAAATACCGGCGTTATGCCGGTATTTTTTTACGAAAGAGGTATCAAATGCGTTTAATTGTGGTGAGCATCATGGTGACCTTGCTGAGTGGCTGTGGCAGCATTATTAGTCGCACTATACCGGGGCAGGGGCATGGCAACCAATATTATCCCGGTGTGCAATGGGATGTGCGTGACTCCGCCTGGCGTTATGTCACGATCCTTGATCTGCCATTCTCTCTGGTTTTTGATACTTTACTGCTGCCGATCGACATTCATCATGGCCCGTATGAGTGATTAACGTTCATCCCACTCATCAGCTGCTGCGCGTCCTTCCTCGGTATCCAGCGGTGGCTCAAGCTGAAATTCCCCCTCGTCCCATTCATGTAATGTATTC > NC_000913/1113421‑1113906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |