| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,692,114 | C→T | S165N (AGC→AAC) | bcsB ← | cellulose synthase periplasmic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,692,114 | 0 | C | T | 97.2% | 233.6 / ‑1.1 | 72 | S165N (AGC→AAC) | bcsB | cellulose synthase periplasmic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (38/31); total (40/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.52e-01 | |||||||||||
AGGCTTGTTGCAGCCCAACATCCGGCGCACCCGCAAAGACCATCGGCAAGGTGTTGGTGCGGTTATCGCTCGGGTCAAAGAATGGCACCGGGAAGTGTGACAGGTCATTCTTCACATTCAGGGTCTGATAGGTCAGATCCAGTCCACTGCTCCGCCCAACATCCAGCCAAAGCGTGGTGCTGGCCGGTTTTTCGCACACGTCCTGATAATGGCCGACAAACTCCAGCCGTACACGGTTGAAGTCGCTAATAAACAGTGGGTTAATGGGCATTTGCGCCAGCGTTTTTTTACCCAACTGTTCTTTGGTCACTGGCAGCACGCCCATCAGTTCATCATTGAGATAAACCTTTAACTGCGACTGGACAGGCAGTAACGATGGCGATGGGGTGTATTCGAGGTTGAGCATCGCCTTCGTCACCACTTCATCGCTGCGCATACCAAACTCAATGCTGCCGTTCGGGTTAATGCCACGTAGCACCATGCTGCCCGGCG > NC_000913/3691869‑3692360 | agGCTTGTTGCAACCCAACATCCGGCGCACCCGCAAAGACCATCGGCAAGGTGTTGGTGCGGTTATCGCTCGGGTCAAAGAAGGGCACCGGGAAGGGTGACAGGTAATTCTTCACATTCAGGGTCTGATAGGTCAGATCCAGTCCACTGCTCCGCCCAACATACAGCCAAGACGTGGTGCTGGCCGTATTTTCGCACACGTCCTGTTAATGTCCGACAAACTCCACCCGTACACGCTTGTAGTCGTtaat > 2:10205/1‑250 (MQ=255) ggCTTGTTGCAGCCCAACATCCGGCGCACCCGCAAAGACCATCGGCAAGGTGTTGGTGCGGTTATCGCTCGGGTCAAAGAATGGCACCGGGAAGTGTGACAGGTCATTCTTCACATTCAGGGTCTGATAGGTCAGATCCAGTCCACTGCTCCGCCCAACATCCAGCCAAAGCGTGGTGCTGGCCGGTTTTTCGCACACGTCCTGATAATGGCCGACAAACTCCAGCCGTACACGGTTGAAGTCGTtaata > 1:4953/1‑250 (MQ=255) tgttgCAGCCCAACATCCGGCGCACCCGCAAAGACCATCGGCAAGGTGTTGGTGCGGTTATCGCTCGGGTCAAAGAATGGCACCGGGAAGTGTGACAGGTCATTCTTCACAGTCAGGGTCTGATAGGTCAGATCCAGTCCACTGCTCCGCCCAACATCCTGCCAAAGCGTTGTGCGGGCCGGTTTTTCGCACACGTCCTGATAATGGCCGACAAACTCCAGCCGTACACGGTTTAAGTCGTTAATAAACa < 2:60517/250‑1 (MQ=255) tgCAGCCCAACAACCGGCGCACCCGCAAAGACCATCGGCAAGGTGTTGGTGCGGTTATCGCTCGGGGCAAAGAATGGCACCGGGAAGTGTGACAGGTCATTCTTCACATTCAGGGTCTGATAGGTCAGATCCAGTCCACTGCTCCGCCCAACAGCCAGCCAAAGCGGGGTGCTGGCCGGTTTTTCGCACACGTCCTGATAATGGCCGACAAACGCCAGCCGTACACGGTTGAAGTCGTTAATAAACAGTg < 2:204172/250‑1 (MQ=255) 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1:156526/251‑1 (MQ=255) ccacGGTTGAATTCGTTAATAAACAGTGGTGTAATTGGCATTTGCGCCAGCGTTTTTTTACCCAACTGTTCTTTGGTCACTGGCAGCACGCCCATCAGTTCATCATTGAGATAAACCTTTAACTGCGACGGGACAGGCAGTAACGATGGCGATGGGGTGTAGTCGAGGTTGAGCATCGCCTTCGGCACCACTTCTTCGCTGCGCATACCAAACTCAATGCTGCCGTTCGGGTTATTGCCACGTAGCTCCAt < 2:439438/250‑1 (MQ=255) cacGGTTGAAGTCGTTAATAAACAGGGGGGTAATGGGCATTTGCGCCCGCGTTTTTTTACCCAACTGTTCTTTGGTCACTGGCAGCACGCCCATCAGTTCATCATTGAGATAAACCTTTAACTGCGACTGGACAGGCAGTAACGATGGCGATGGGGTGTATTCGAGGTTGAGCATCGCCTTCGTCACCACTTCATCGCTGCGCATACCCAACTCTATGCTGCCTGTCGGGTTAATGCCACGTTGCACCAt > 2:126018/1‑250 (MQ=255) gAAGTCGTTAATAAACAGTGGGTTAATGGGCATTTGCGCCAGCGTTTTTTTACCCAACTGTTCTTTGGTCACTGGCAGCACGCCCATCAGTTCATCATTGAGATAAACCTTTAACTGCGACTGGACAGGCAGTAACGATGGCGATGGGGTGTATTCGAGGTTGAGCATCGCCTTCGTCACCACTTCATCGCTGCGCATACCAAACTCAATGCTGCCGTTCGGGTTAATGCCACGTAGCACCATGCTGCCcg < 1:79028/251‑1 (MQ=255) 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AGGCTTGTTGCAGCCCAACATCCGGCGCACCCGCAAAGACCATCGGCAAGGTGTTGGTGCGGTTATCGCTCGGGTCAAAGAATGGCACCGGGAAGTGTGACAGGTCATTCTTCACATTCAGGGTCTGATAGGTCAGATCCAGTCCACTGCTCCGCCCAACATCCAGCCAAAGCGTGGTGCTGGCCGGTTTTTCGCACACGTCCTGATAATGGCCGACAAACTCCAGCCGTACACGGTTGAAGTCGCTAATAAACAGTGGGTTAATGGGCATTTGCGCCAGCGTTTTTTTACCCAACTGTTCTTTGGTCACTGGCAGCACGCCCATCAGTTCATCATTGAGATAAACCTTTAACTGCGACTGGACAGGCAGTAACGATGGCGATGGGGTGTATTCGAGGTTGAGCATCGCCTTCGTCACCACTTCATCGCTGCGCATACCAAACTCAATGCTGCCGTTCGGGTTAATGCCACGTAGCACCATGCTGCCCGGCG > NC_000913/3691869‑3692360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |