| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,592,290 | 0 | T | G | 25.0% | 115.2 / 11.4 | 74 | F212V (TTC→GTC) | tsr | methyl‑accepting chemotaxis protein Tsr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/35); new base G (17/1); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAATGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGC‑CAATGAATCGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCATATTGCAGGCGGCG‑ATCTGGTGAAACCGATTGAGGTGGATGGCTCTAATGAGATGGGG‑CAACTGGCAGAGAGTTTGCGCCATATGCAGGGAGAGCTGATGCGTACCGTCGGTGATGTGCGCAA‑CGGGGCCAATGCCATCTATAGCGGTGCCAGCGAAATCGCCACCGGCAATAACGATCTCTCTTCGCG > NC_000913/4592055‑4592537 | caATGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCATGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCTTCAGCGATAACAATGCCTCCGACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGTGCTTGATGATCTTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCt < 1:510334/251‑1 (MQ=255)caATGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCt < 1:351071/251‑1 (MQ=255)caATGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCt < 1:437208/251‑1 (MQ=255) aaTGCGCTGGCGGAGCTGATCCAACTGTTAGGTGCAGGCAAAATCAACGAGTTCTTTGATCAGCCGACCCAGGGATATCAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTTAAGCCTc > 1:129046/1‑251 (MQ=255) 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cAGGACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCACAACGTTCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCAAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTCCTGCCGGT‑CATCTTCGCCCTC‑TAGGTCGGTTCTAAAGCCTCCCTGGTAGCGC‑CCAAGACTCCACCG‑ATTTCCAGCAATCGTACTATTGCAGgcggcggattggggcaaacgattttggg > 1:228375/1‑229 (MQ=255) ggACGGTTTCGAGAAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTTGCCGTC‑TGGTTCGGGATTAAAGCCCCGCTGGTAGCGC‑CCATGAATCGCCCG‑ATTTACCGCATTCGTCATATTTCCGGCGGCG‑ATCTGGTggaaacggttggggggg > 2:228251/1‑235 (MQ=255) gagaAGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTTGCCGTC‑TGGGTTGGTATTTAAGCCCCCCTGGTAGGGC‑CACAGAATCGCCTG‑GTTGACAGCATTTGTCATATTGCAGGCGGCG‑GTCCGGGGAAACCGATTGAGGGGGATGGCTCTa > 1:317023/1‑250 (MQ=255) gagaAGCAGTATGTGGCTTACATAGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTTGGTATTAAAAACCCGCTGGGAGCGC‑CAATGAATCCCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCCTATTTCAAGGGGCG‑ATCTGGGGAAACCGGTTGAGGGGGGTGGGTCTa > 1:246504/1‑250 (MQ=255) aaGCAGTATGTGGCTTACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGC‑CAATGAATCGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCATATTGCAGGCGGCG‑ATCTGGTGAAACCGATTGAGGTGGATGGCTCTAATga < 2:424977/251‑1 (MQ=255) ttACATGGAGCAAAACGATCGGCTCCATGATATCGCCGTCAGCGATAACAATGCCTCCTACAGCCAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGCC‑TGGGTCGGGATTAAAGACCCGCTGGGAGCGCACAA‑GAATCGCCCT‑ATTTGCACCATTCGGCCTATTTACGGCGGCG‑GTCTGGGGAAAACGGTTTAGGGGGGTAGGTCTAATGAGAGGGGG‑GAACTgg > 2:97164/1‑251 (MQ=255) 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cAGGCGATGTGGATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGC‑CATCTTCGCCGTC‑TGGGTCGGTATTACAGCCTCGCTGGTGACGC‑CAATGAAACGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCAAATTGCAGGCGGGG‑ATCTGGGGAAAACGCTTGAGGGGGAGGGGTCTAATTAGATGGGG‑CAAATGGCAGCGAGTTTGTGCCCTATACCGGGAGAGATGGTGAGTACCGGCGGGGATGTGCGCGA‑CGGGGc > 2:493656/1‑251 (MQ=255) ggATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGC‑CAATGAATCGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCATATTGCAGGCGGCG‑ATCTGGTGAAACCGATTGAGGTGGATGGCTCTAATGAGATGGGG‑CAACTGGCAGAGAGTTTGCGCCATATGCAGGGAGAGCTGATGCGTACCGTCGGTGATGTGCGCAA‑CGGGGCCAATGCCATc < 1:228251/251‑1 (MQ=255) ggATTCTGGTGGGCGTGATGATCGTCGTACTGGCGGT‑CATCTTCGACGTC‑TGGCTCGGTATTAAAACCTCGCTGGTTGCGG‑CAATGAATCGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCATATTGCAGGCGGCG‑ATCTGGTGAAACCGGTTGAGGGGGATGGCTCTAATGAGATGGGG‑CAACTGGCCGAAAGTTTGCGCCATATGCAGGGAGAGCTGATGCGGACCGTCGGGGGAGTGCGCCA‑CGGGGCCAAAGCCAtt > 1:439525/1‑250 (MQ=255) 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tCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGC‑CAATGAATCGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCATATTGCAGGCGGCG‑ATCTGGTGAAACCGATTGAGGTGGATGGCTCTAATGAGATGGGG‑CAACTGGCAGAGAGTTTGCGCCATATGCAGGGATAGCTGATGCGTACCGTCGGTGATGTGCGCAA‑CGGGGCCAATGCCATCTATAGCGGTGCCAGCGAAAGCGCCACCGGCAATAACGAt < 2:218988/248‑1 (MQ=255) tCGCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGC‑CAATGAATCGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCATATTGCAGGCGGCG‑ATCTGGTGAAACCGATTGAGGTGGATGGCTCTAATGAGATGGGG‑CAACTGGCAGAGAGTTTGCGCCATATGCAGGGAGAGCTGATGCGTACCGGCGGTGATGTGCTCAA‑CGGGGCCAATGCCATCTATAGCGGTGCCAGCGAAATCGCCACCGGCAATAACGAtct < 2:246504/250‑1 (MQ=255) gCCGTC‑TGGTTCGGTATTAAAGCCTCGCTGGTAGCGC‑CAATGAATCGCCTG‑ATTGACAGCATTCGTCATATTGCAGGCGGCG‑ATCTGGTGAAACCGATTGAGGTGGATGGCTCTAATGAGATGGGG‑CAACTGGCAGAGAGTTTGCGCCATATGCAGGGAGAGCTGATGCGTACCGTCGGTGATGTGCGCAA‑CGGGTCCAATGCCATCTATAGCGGTGCCAGCGAAATCGCCACCGGCAATAACGAtctctc < 1:344624/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |