| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 342712 | 43 (0.840) | 3 (0.060) | 3/482 | 3.2 | 3.0% | intergenic (+205/‑172) | yahJ/yahK | amidohydrolase family protein YahJ/aldehyde reductase, NADPH‑dependent |
| ? | NC_000913 | 3832566 = | 152 (2.980) | coding (1972/2319 nt) | yicI | alpha‑D‑xyloside xylohydrolase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ACATTGCGCAGGCACAGTGTCCAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGCGACTACCGTCGAGTTCATCGTTGTGCCACAGGTGTGTCCAGCGACCTTCCGGCAGGTAGAACTGCACATCGCCCGCTTCAGTGAACACCGGCGCAACCATCACGTTGTCGCCTAACATGTATTGACGGTCAAGGTAATCACAAGCCGGATCGTCCGGGAACTCCATCATCATGGCCCGCATCATCGGCGTACCCCGCGCGTTCGCACGCGCAGCTTCACG > NC_000913/3832316‑3832815 | acaTTGCGCAGGCACAGTGTCCAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACt > 1:94629/1‑251 (MQ=255) cgcAGGCACAGTGTCCAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGaa < 1:39598/251‑1 (MQ=255) gcAGGCACAGTGTCCAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGa > 1:151274/1‑249 (MQ=255) aGTGTCCAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGtgctg > 1:227507/1‑251 (MQ=255) tgtCCAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGGGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTACTCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCCGACTCAGGAAGCCGTgctgct > 2:233399/1‑251 (MQ=255) ccAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGGCGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGt < 2:142845/250‑1 (MQ=255) cAGTTCTTCGCCTCGCCCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGttt > 2:457940/1‑251 (MQ=255) cgcctcgccCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGc < 1:457940/251‑1 (MQ=255) gccCGCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGCGACTAc < 1:414681/251‑1 (MQ=255) gCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGCGACTACCGTc < 1:113406/251‑1 (MQ=255) gCACCAGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGCGACTACCGTc > 2:369109/1‑251 (MQ=255) aCCAGTCACCGTAATCGAGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGACTGCCGAGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGAGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCATGAAGCCGGGCTGCTGTTTATGCCAGCgcctcccgc > 2:373055/1‑240 (MQ=255) aGTCACAGTAATCGTGTTGCCAGTACGTGCTGCTTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCGGTTTATGCCAGCGACTACCGTCGAGtt < 2:227118/251‑1 (MQ=255) 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ctgctTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTACTCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGCGACTACCGTCGAGTTCATCGTTGTGCCACAGGTGTGTCCAGCg > 1:432517/1‑250 (MQ=255) ctgctTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGCGACTACCGTCGAGTTCATCGTTGTGCCACAGGTGTGTCCAGCg > 1:109186/1‑250 (MQ=255) ctTTTAAAGTAAAGATCACCGATCCGTCAGCAGCGGGCACTTCACAGACGGCTTCATGCCCGTCTTGCAGATTGAAGAGGTGGAATGCCGTGCCTTCGTGCCACACGTAATCGGGACGTTGATCGTTGTTGCCCAGCGCCAGTAGAGTGTTATCACGCACATAAACGGGCAGACTCAGGAAGCCGTGCTGCTGTTTATGCCAGCGACTACCGTCGAGTTCATCGTTGTGCCACAGGTGTGTCCAGCGACCt > 1:189487/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |