| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,815,883 | +C | coding (667/687 nt) | rph ← | truncated RNase PH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,815,883 | 1 | . | C | 90.0% | 177.4 / 12.6 | 60 | coding (667/687 nt) | rph | truncated RNase PH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/1); new base C (35/19); total (40/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCGCGCCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑C‑TCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCTTTCATCGGATTGGTTTTCAGCTTGCCGTTTTCCACCAGCTTCTGTAGCGC > NC_000913/3815633‑3816132 | gATCGCGCCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑c‑c‑c‑c > 1:60988/1‑251 (MQ=255) cgcCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAATAAATAGGGGCTTTTGCGCACGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACGTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCTTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑c‑c‑c‑ccgcgg < 2:91180/251‑6 (MQ=255) ttAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGcc > 1:308323/1‑251 (MQ=255) cGGCGTTCAAGAAATAGGGGCTTTTGAGACCGGATTCCAGCGTAAACTCGCCAAAATTTAACACCTGATTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGAGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGATCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGAATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATg > 2:53040/1‑250 (MQ=255) agaaATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCtt < 2:1322/251‑1 (MQ=255) aaTAGGGGCTTTTGCGCCCGGAGTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACTCCTGCTTGCAAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTGCATGCCTTCGCTCCGCATCTTACGTATCTTCAGACAAAAAAAAGGCGACTCAGCATTCGCCTTAAAAATCAGTTGGCCAGCGCCGCCTGCTTCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑CCACGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGGAGCTTTTCAt < 2:315466/251‑1 (MQ=255) aTAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTGCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATg < 1:330029/251‑1 (MQ=255) tAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAAATTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATCTGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTAGCCTTAAAACTCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGCTGAGTAGCTCTTCATgg > 1:515460/1‑251 (MQ=255) gtgCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTACTCTCGCCAACCTTTACCACATGCTTGATAAGCACACATTCCACAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAACAACAAAGCGACTCATCAGTCGCCTTAAACCTCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCTTCGCTACAATGGCTTCGAT‑T‑CAC‑C‑C‑TCGGGCCCGAGCCAACACGTCGACTAGCTCTTCCTGGGt > 2:42353/3‑250 (MQ=255) gcgcCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAGCGGCTc < 1:149704/251‑1 (MQ=255) 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c‑c‑c‑TCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCTTTCATCGGATTGGTTTTCAGCTTGCCGTTTTCCACCAGCTTCTGTAgcg > 1:21814/1‑251 (MQ=255) c‑c‑TCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCTTTCATCGGATTGGTTTTCAGCTTGCCGTTTTCCACCAGCTTCTGTAgcgc < 1:130528/251‑1 (MQ=255) c‑TCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCTTTCATCGGATTGGTTTTCAGCTTGCCGTTTTCCACCAGCTTCTGTAgcgc > 1:396154/1‑250 (MQ=255) | GATCGCGCCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT‑T‑C‑C‑C‑C‑TCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCTTTCATCGGATTGGTTTTCAGCTTGCCGTTTTCCACCAGCTTCTGTAGCGC > NC_000913/3815633‑3816132 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |