| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,551,406 | C→T | W356* (TGG→TGA) | malP ← | maltodextrin phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,551,406 | 0 | C | T | 98.3% | 188.1 / NA | 59 | W356* (TGG→TGA) | malP | maltodextrin phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (32/25); minor base G (0/1); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACCACACACAGGTTCGCCATATGCACTTGTTTGTC‑GTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGCCCCGCCAGATGATGGCGACGCAAAATATCCGCTACCGAACAGGCACACTGGA > NC_000913/3551159‑3551650 | gggtatatCCCGGGATCAGATCTTTCACCACAAGATGCTTGTGCAGCGTCACAACCCCGTTCCCCGCGAACCCGCCAACCACACACAGGTTCGCCATATGCACTTGTTTGGC‑ATGCACCTCCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCTCGGCCAGGTTTTCTCTTCCAGCGTTGTAAAGCGAGTAGTAAGTTCGTTAATAATCTGCAAGTGGCGCGTCAGTAAGCCTTTCACCAGTGTCACATCTCAg < 2:252255/247‑1 (MQ=255) gTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGCGCCGCGCTGCAACACCGTTCACCGCGCCACCGCCAACCACACACAGGATCGCCATATGCCCTTGTTTGTC‑ATGCACCACCACAAGTTTGGCCCACACTTTTTCATAGCCCGGCCAGGCTTTCTCTACCAGCGTTCTAAAGAGAGCATTAATTTCGATACTAATCTGCCTGTGTCGCGGCAGTCAGCCTTTCACCAGTTTCACCTCTCAGc > 2:328255/1‑251 (MQ=255) tGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACCACACACAGGTTCGCCATATGCACTTGTTTGTC‑GTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCTCAGCg > 2:163359/1‑251 (MQ=255) ggctatgccGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGGGCAGCGCCCCAACACCGTCCCTCGCGAAACCGCCAACCACCCACAGGTTCGCCTTATTCACTTGTT‑GTCCGTGCACCTCCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAATCCTTTCACCAGTTTCACATCTCAGCg < 2:199477/244‑1 (MQ=255) 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aaatCTGCATGGGGCGCGGCAGTAGGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCATCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCGGGTAATGGCCCAGGCGGCATCCCAGCTCATCGGGGGCTCATCGATCAGCACGAGCAGTAGTACTGGAACCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAAGAACATCGTAAGCCGCCAGTTCGGGCATTTTCCGCCCCGCCAgatga < 2:115855/250‑1 (MQ=255) cTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCTCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGCCCCGCCAGATGATGGc > 1:99368/1‑251 (MQ=255) aTGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCTCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGc > 2:163903/1‑231 (MQ=255) aTGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCTCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGc < 1:163903/231‑1 (MQ=255) gtgGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCTCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGCCCCGCCAGATGATGGCGACGc > 2:289362/1‑250 (MQ=255) cgGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCTCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGCCCCGCCAGATGATGGCGACGCAAAatat > 2:337354/1‑251 (MQ=255) acaTCTCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGATGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGCCCCGCCAGATGATGGCGACGCAAAATATCCGCTACCGAACAGGCACACTGGa > 2:421952/1‑250 (MQ=255) | GGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACCACACACAGGTTCGCCATATGCACTTGTTTGTC‑GTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAATAACTTCGTAATCCGCCAGTTCGTGCAGTTTACGCCCCGCCAGATGATGGCGACGCAAAATATCCGCTACCGAACAGGCACACTGGA > NC_000913/3551159‑3551650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |