| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,042,171 | G→A | intergenic (+146/‑197) | zinT → / → yodB | metal‑binding protein ZinT/putative cytochrome b561 YodB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,042,171 | 0 | G | A | 95.0% | 65.6 / NA | 20 | intergenic (+146/‑197) | zinT/yodB | metal‑binding protein ZinT/putative cytochrome b561 YodB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (10/9); minor base C (1/0); total (11/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GATTCACAGCAATCTTTATTAAATGAAATGGAAAACTGGCCAACGTATTATCCATATCAGTTGAGTAGCGAAGAAGTGGTCGAGGAAATGATGTCTCATTGAGTATTCTCATGATAACGCCTCGATGCCGCTTTAGTAAGTTATCATAACTGCCACTGGTCCATCCACAAACGCCACTGAACGCAAGCTAGCTACAGACACGCTCATCACTATGACGTGTCTGTATATTAATAAGCTAACCCGCATTGAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATACCTGTGCTCACGCCATTGCTTATATTGGCTGGTTACAATATGCACTATCAATTTTTTAAATAACAAATTATTAAAACCACATCTGTATAAGGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTG > NC_000913/2041924‑2042415 | gATTCACAGCAATCTTTATTAAATGAAATGGAAAACTGGCCAACGTATTATCCATATCAGTTGAGTAGCGAAGAAGTGGTCGAGGAAATGATGTCTCATTGAGTATTCTCATGATAACGCCTCGATGCCGCTTTAGTAAGTTATCATAACTGCCACTGGTCCATCCACAAACGCCACTGAACGCAAGCTAGCTACAGACACGCTCATCACTATGACGTGTCTGTATATTAATAAGCTAACCCGCATTAAGt > 2:286424/1‑251 (MQ=255) 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atCCATATCAGTTGAGTAGCGAAGAAGTGGTCGAGGAAATGATGTCTCATTGAGTATTCTCATGATAACGCCTCGATGCCGCTTTAGTAAGTTATCATAACTGCCACTGGTCCATCCACAAACGCCACTGAACGCAAGCTAGCTACAGACACGCTCATCACTATGACGTGTCTGTATATTAATAAGCTAACCCGCATTAAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATAc < 1:166531/250‑1 (MQ=255) cAGTTGAGTAGCGAAGAAGTGGTCGAGGAAATGATGTCTCATTGAGTATTCTCATGATACCGCCTCGATGCCGCTTTAGTAAGTTATCATAACTGCCACTGGTCCATCCACAAACGCCACTGAACGCAAGCTAGCTACAGACACGCTCATCACTATGACGTGTCTGTATATTAATAAGCTAACCCGCATTAAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATACCTGTGCTc < 2:399871/250‑1 (MQ=255) tAGCGAAGAAGTGGTCGAGGAAATGATGTCTCATTGAGTATTCTCATGATAACGCCTCGATGCCGCTTTAGTAAGTTATCATAACTGCCACTGGTCCATCCACAAACGCCACTGAACGCAAGCTAGCTACAGACACGCTCATCACTATGACGTGTCTGTATATTAATAAGCTAACCCGCATTAAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATACCTGTGCTCACGCCATTg > 1:161967/1‑251 (MQ=255) 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gTATATTAATAAGCTAACCCGCATTAAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATACCTGTGCTCACGCCATTGCTTATATTGGCTGGTTACAATATGCACTATCAATTTTTTAAATAACAAATGATTAAAACCACATCTGTATAAGGAATATTTAAGGGTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCaaagtt < 1:337862/250‑4 (MQ=255) gTATATTAATAAGCTAACCCGCATTAAGTTAACCAATAACGGATTCCAGACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATACCTGTGCTCACGCCATTGCTTATATTGGCTGGTTACAATATGCACTATCAATTTTTTAAATAACAAATTATTAAAACCACATCTGTATAAAGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTTCAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAattt < 1:337864/250‑1 (MQ=255) cGCATTAAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATACCTGTGCTCACGCCATTGCTTATATTGGCTGGTTACAATATGCACTATCAATTTTTTAAATAACAAATTATTAAAACCACATCTGTATAAGGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACgctg < 1:286424/251‑1 (MQ=255) cGCATTAAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATAACTGTGCTCACGCCATTGCTTATATTGGCTGGTTACAATATGCACTATCAATTTGTTAAATAACAAATTATTAAAACCACTTCTGTATAAGGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACgcgg < 1:286412/251‑3 (MQ=255) | GATTCACAGCAATCTTTATTAAATGAAATGGAAAACTGGCCAACGTATTATCCATATCAGTTGAGTAGCGAAGAAGTGGTCGAGGAAATGATGTCTCATTGAGTATTCTCATGATAACGCCTCGATGCCGCTTTAGTAAGTTATCATAACTGCCACTGGTCCATCCACAAACGCCACTGAACGCAAGCTAGCTACAGACACGCTCATCACTATGACGTGTCTGTATATTAATAAGCTAACCCGCATTGAGTTAACCAATAACGGATTCCATACACAATACGGCCAACAGAGAAAGATACCTGTGCTCACGCCATTGCTTATATTGGCTGGTTACAATATGCACTATCAATTTTTTAAATAACAAATTATTAAAACCACATCTGTATAAGGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTG > NC_000913/2041924‑2042415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |