| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 81,102 | G→A | S286L (TCG→TTG) | leuB ← | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 81,102 | 0 | G | A | 95.0% | 174.8 / NA | 60 | S286L (TCG→TTG) | leuB | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (34/23); minor base C (1/2); total (35/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCGAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGATCTCCC > NC_000913/80858‑81342 | tAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAgcc < 1:175875/249‑1 (MQ=255) aGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGT‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAgccgc < 1:64122/250‑1 (MQ=255) ccATTATTACACCCCGGCTGCTACATAGCTGGCAATGATAGCGCCCATTTCATCGGTTCGAACGGCGGCAGCGCCTCGGGCGAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTGAATGGCGCGTGCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCATCAGCAGTTCCAGCTAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCTATGTTTTGGCTTGCGATATCTGGTGGCCAGccgcccg < 2:389173/251‑1 (MQ=255) ccTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAg < 1:225162/251‑1 (MQ=255) aaaaggggggCAATGATACCGCCCATTTCAGCGGTACTACCGGCGGCACCGCCACGGGCTAAATCCCCTGGACGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAAGGGCGCGTGCAAGGGCGCAAGCCGCAGCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCGGCGAAAGG‑ATTTGGGCAATCGGGTGTGCGATGTTTTTGCCGGCGATATCGGGGGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAAc < 2:388190/243‑1 (MQ=255) aTGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCAACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCCAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCCGCCGCAGTGCCCGCGAACGG‑ATTTGTGCCATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCCGCGATATCTTGTGCCCAGCCGCCCGCCGGTTCATACAATCCAACACCTTGCTCGTTccg > 2:403156/1‑249 (MQ=255) aTGATATCGCCCATTTCATCGGAACTAACGCCTGCAGCGCCACGGGCTAAATACCCGGTTCGAATGACTTCTTCTAATGAGCGGCTGAAGGCGCGTTCAAAGGCGCAAGCAGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCCGCGAAAGG‑ATTTGCGCAATCGGGGTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGCGCCAAGCCGCACGCCGGGTCTTACAGTCCAAAAACTTGCTCGTTc > 1:259343/1‑249 (MQ=255) accGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCCCGGGCTAAACCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTAAATGGCGCGTTCAATGGCGAAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTg < 2:116412/248‑1 (MQ=255) cccATTTCAGCGTTCCTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAACCCCCGGTGCGAATGCTTTCTTCTATTGCGCGTTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCACCCAGGCTGTAACGCAGCATCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGGGCAATCGTTTTTGCGATGTTTTTGCGTGTGATATCTGGTGCCAAGCCGTCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGa < 1:167776/251‑1 (MQ=255) cGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGGGAGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCCAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGACTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATc > 1:181731/1‑251 (MQ=255) cggcggCAGCGCCACGGACTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGAGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCg > 2:307912/1‑249 (MQ=255) cggcAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGccc > 2:119654/1‑250 (MQ=255) cggcAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGAAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGAGCCAGCGAAAGG‑TTTTGTGCAATCGGGTTGGAGAGGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGATCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGATCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCAACGaaccc > 2:319973/1‑247 (MQ=255) 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ccggCGATATCGGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAAc < 2:125518/248‑1 (MQ=255) ccTGCGATAGCTGGTGCGCATCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAATCCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGGTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCGGTGCGAGATCCGGGTATTCCGTGGCGGTCGCGTTaa < 2:344361/250‑1 (MQ=255) cTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACg > 1:280907/1‑251 (MQ=255) gggaactCTGGTGCCATGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAATGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAAGGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGAt < 2:413155/245‑1 (MQ=255) gCGATATCGGGGGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTTGTGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGAt < 1:241749/251‑1 (MQ=255) gATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGAtct > 2:188574/1‑251 (MQ=255) atatCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGAtctc > 2:373759/1‑251 (MQ=255) ggTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCTCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGATCTccc < 1:141866/247‑1 (MQ=255) | TAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGG‑ATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCGAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGATCTCCC > NC_000913/80858‑81342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |