| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 24.4% | 68.9 / 10.3 | 46 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase and phosphopantothenoylcysteine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/30); new base T (11/0); total (15/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.34e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTCT > NC_000913/3813026‑3813522 | ctgcCGGCATGGATAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTAGCTCCACCTGAGCCTGAAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCCGATGTACCGTGCAGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGGGGTGATCTCGGTCCTGGGCGCAAGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTGGGCAATTTTCcccc > 2:34220/1‑251 (MQ=255) gcCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCgc > 1:205853/1‑250 (MQ=255) gattGGCGAATGACCTGGTATCGCTGATTTGTCTGGCTACCCCGGCGCCTGTCGCCGTTCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAAc < 1:325749/248‑1 (MQ=255) aaTGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGGCCGGCAACGACCTGa > 1:403532/1‑250 (MQ=255) ggcccTGGTATCTCCGATTTGTCTGGCTACACCGGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGaaa < 1:342035/247‑1 (MQ=255) gccctgtcatcgcgctttttccgggCTACCCCTGCGCTTGTGGCCGATCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTTCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑Ca < 2:265512/228‑1 (MQ=255) tttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTTCCCGTCAACGACCTGCAA‑CATCTTCACATTT‑TGAtt > 1:419242/1‑251 (MQ=255) 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gcgcCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCCGCCACGACCTGAAA‑AATCTGAACATTT‑TTATTTCCCCCG‑Gccccccccg > 1:168432/1‑245 (MQ=255) cggTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGAGGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTc < 1:373237/249‑1 (MQ=255) gTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGCATTTTTTGCCCCTCCACGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCCCCC‑GCCCCCCGCGTGAACCGcccg > 1:95544/1‑247 (MQ=255) 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gCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCCTCCACGACCCGAAA‑CATCTTAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCCACGCGTGAACCCCCCGATCCGGGGCGGTATTTCTCTTATCCCAGCTcccgcc > 1:258870/1‑246 (MQ=255) cGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCCCCG‑GCCCCACGCGTGAACCGCTCGATCCGGGGCGGTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCCAGATgggg > 1:363701/1‑250 (MQ=255) gcagcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG‑TGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTACGCATTTTTTGCCCGTCAAAGACCCGAAA‑CAACTGAACATTA‑TGATTTCCCCCC‑GCCCCACGCGTGGACCGCTCGATCCGGTGGGGTATATCCCTaaacccacaccccgcaagatggggt > 1:68688/1‑228 (MQ=255) 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ggTTTGCTCCTCTGGGGGCCAGCCAGTGGCAGGCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCTTTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAC‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACATCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTgg < 1:313386/251‑1 (MQ=255) aatcggggggCCAGACAGTGGCAGTCAGGTTTGGGGTGATATCGGCCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTCCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAAc < 2:95544/245‑1 (MQ=255) cggtagggtttgtgtggatgtCGGTCCTGGGGGAATGCCCGATCCGTTACCCTTTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CATTTGAACATTA‑TGATTCCCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTTCGTTATATCTCTAATCACAGCGCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCgg < 2:67486/231‑1 (MQ=255) 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gCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGAAGCGCATTTTCCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTTGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAAc < 1:410157/251‑1 (MQ=255) aaTGCTCGCTCCGTTACCAATTGGGGATATGGCGGTAGCTCATTTTTCCCCCGGCAACG‑CCTGAAAACTTCTGATCATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGACGCTAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACgtg < 2:403532/251‑1 (MQ=255) ggcccGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTATCGCTTTTTCCCCCCGTCACCGCCCTAAAA‑CATTTGAACATTA‑GGATTCCCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCGATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGtt < 2:388883/247‑1 (MQ=255) 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attgggtatatGGCGTTAGCCCATTTTTCGCCCGTCACCGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCt < 1:386889/244‑1 (MQ=255) atggtgGTTATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGCCCGGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGTTTCCCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATTCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCTGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCt < 1:289616/248‑1 (MQ=255) gtgGATATGGCGGTAGCGCTTTGTCCGCCCTTCAACGACCTGAAA‑AATCTGACTATTA‑TGTTTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCGCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGTTCCGGTTTCACTACCGACGCCACGGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTgg < 2:274520/250‑1 (MQ=255) gtGGCGGTGGCGCATTTTCCGCCCGTAACCGCCCGGAAA‑CATCTGACCATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGa < 2:363701/250‑1 (MQ=255) aGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CATCTGAACATTA‑TGCTTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGCACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGccgccg > 2:265467/1‑251 (MQ=255) cATTTTCCGCCCGTCAACGACCTGAAA‑CTTCTGAACATTA‑TGATTACCGCCG‑GCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTGGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGaa < 1:176015/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |