| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,329,771 | G→A | W270* (TGG→TAG) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,771 | 0 | G | A | 93.6% | 128.7 / NA | 50 | W270* (TGG→TAG) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (21/23); minor base C (3/0); total (26/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
GTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAA‑CATGATCGCCG‑ATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGA > NC_000913/3329536‑3330009 | gTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACActgct > 1:302711/1‑251 (MQ=255) ccgacgctctcccgatctaTGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCa < 2:221927/233‑1 (MQ=255) cccccGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCa < 1:143231/249‑1 (MQ=255) cccGTTACGATTTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCATCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGATTTAAAACAGGCGGTTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGt < 1:148273/251‑1 (MQ=255) 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gATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTAGTTCTGACGAAGCGCAATACTGCGAACCGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGAAGGAATGCCTGCCACACAGTTCTGAGCCCCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCACTTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGGAAAACCTAGAGCGGAACAcagctgaaccgcactcaaggtaacgaa > 1:143698/1‑229 (MQ=255) aTGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCa > 1:221927/1‑233 (MQ=255) gTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTTCCGAAGCGCAATACGTCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGACACAACGGTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCt < 2:323237/250‑1 (MQ=255) 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agccaggcacgcgaactcacccGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGAGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCAGCTCCCGTTGTCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCAAGCTCAGACGGTGCAATTCAGAAAGATGAGTTACAACAGGCGGGTATCAACTTGAGCGGAACACCGCTGCGCCACACACA‑GGTTAGCAGACCT‑GGAAc > 2:338646/20‑251 (MQ=255) cgcccacGTGGGTCTGCCGAACAGCAATCCGGCGATCTGGATGTGGTGCCGGGCGACCTGACCCGCTGTACGCGGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCCGAACACTGCGGCGCCAGACTCT‑GGTTAGCGAGCCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTaa < 2:174797/245‑1 (MQ=255) cccccGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAAc > 1:242929/1‑251 (MQ=255) cGTGGTTCGGCTGAAGCGCAATACGACGAACTGGGTGTGGGGCCAGGCGACCGGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGACTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCAGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGAAAGTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGAGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑c < 2:129229/251‑1 (MQ=255) gTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGAATCACCCAGAGCGGAAAACTGCTGCGGCAGACTCA‑GGGTAACGAACCT‑GGAACGGTAGATGcccggcaacaatcg > 1:182381/1‑239 (MQ=255) ggTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGACCTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑Cgg < 2:4441/250‑1 (MQ=255) ggTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGc < 2:43780/251‑1 (MQ=255) gTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGGTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTTCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGcc < 1:340354/251‑1 (MQ=255) gCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGcccc < 1:347878/248‑1 (MQ=255) 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aTGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGACGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGGATCACCTAGAGCGGGACACTGCTGCGCCAGACTCC‑GGGTAACGAACCT‑GGGACGGTAGATGCCCATAAACAGT‑CCGCCCCCCT‑GCAC‑GATCCGCTTAAAATTATGCTg > 2:265600/1‑251 (MQ=255) tggtgCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTCGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGGAGTTGCCAGCAAACAGT‑CGGCCCCCCTTGC‑C‑GGTCTGCCTAAGATTATGCTGac > 1:278671/1‑249 (MQ=255) ggtgCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTAAGATTATGCTGaaa < 1:180340/250‑1 (MQ=255) 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tttACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGGATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGGAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTTAGATTATGATGAAAAAGTCGGACAA‑CATGATCGCCg > 1:271364/1‑250 (MQ=255) ccGCTGACGGTATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGTCTTGTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCAATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACTAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAT‑GATCTGCTTAAGATTATGCGGAAAAAGACGGACAA‑CATGATTGCCG‑ATAc < 2:31111/250‑1 (MQ=255) gACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAA‑CATGATCGCCG‑ATACGGt < 1:320562/249‑1 (MQ=255) 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ccGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCCGAATCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGGAGTTGCCAGGAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTAAGATTATGCTTGAAAAGTCGGACCA‑CATGAGCGCCG‑ATACGGTTTTCCCCCTGATAGGCCATGCGCGCTTTCATGTGCCCGGAACATGGCGGGcccgggtggggccccggggtccc > 2:193586/1‑230 (MQ=255) gCAAGTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTAACACCTAGAGCGGAGCGCTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGGAGTGGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GAACTGTTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAA‑CATTATCGCCG‑ATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCTCTCTTCAATTTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCt < 1:338646/251‑1 (MQ=255) aaTTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATTACCTCACACGCAACACTGCTGAGACCGAACCT‑GGTTAACGAACCTCGGAA‑AGAAGATGACAGTAAACAGTGCGACACC‑CT‑GCAC‑GAACTCCATAAGATTATGCTGAAAAAGTCAGACAA‑CATGATCCCCGCATACG‑TTTTCCCCATGATAGGCCACGCTCGCTTCCATTTGCCTCGACCATGGCGGGACggggtgggagccgggcggccgatcccgc > 1:363178/1‑226 (MQ=255) aaTTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑c < 1:229736/105‑1 (MQ=255) ttCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTAGAGCGGAACCCTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGGAGTTGCCCGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAA‑CATGATCGCCG‑CTACGGGTTTCCGCCTGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGGGCGTccggtcccgcgc > 2:293442/1‑240 (MQ=255) gggTATTACCTAGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAA‑CATGATCGCCG‑ATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGa > 1:104068/1‑250 (MQ=255) | GTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCA‑GGTTAACGAACCT‑GGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCT‑GCAC‑GATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAA‑CATGATCGCCG‑ATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGA > NC_000913/3329536‑3330009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |