Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,164,123 | C→G | A162G (GCA→GGA) | btuB → | cobalamin outer membrane transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,164,123 | 0 | C | G | 97.7% | 153.4 / NA | 44 | A162G (GCA→GGA) | btuB | cobalamin outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (21/22); total (22/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
CAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAG‑CAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATGGTAATACCGGAACGCAAGCGCAGACAGATAACGATGGTTTTTTAAGTAAAACGCTTTATGGCGCGCTGGAGCATAACTTTACTGATGCCTGGAGCGGCT > NC_000913/4163882‑4164347 | cAGCTCTCATCTATTTTGATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCGGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTGCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAG‑GAGGGTgggg < 2:375148/251‑1 (MQ=255) aGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGGGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGGACGGAAATTTCAG‑GAGGGTgggg > 1:216727/1‑250 (MQ=255) gCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGCACCCGGAACGGGAATTTCAG‑GAGGGTGGGGa > 1:340284/1‑250 (MQ=255) tATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGAGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCCCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCCTCACGACGCGCGATGAAACCGGAACGGAGATTTCAG‑GAGGGTGGGGAAGCAATatgt > 1:311547/1‑248 (MQ=255) 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gCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCTCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAG‑GAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCa < 1:206665/248‑1 (MQ=255) tCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTACGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGACTATCAGCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCTG‑GAGGGGGGTGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTATCTAAGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGGTGcc > 2:355479/1‑251 (MQ=255) cgcTATTGCGCTTGTCCAGCGGGGTGAATAGCTCCGTGGGCCGCTCGCCGCTTGTTATTGTTTCGATGCAATAGGCTGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGAGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAG‑GAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACGATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAATACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGTTTATGATTTTTTTGcc < 2:245991/248‑1 (MQ=255) 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CAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAG‑CAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATGGTAATACCGGAACGCAAGCGCAGACAGATAACGATGGTTTTTTAAGTAAAACGCTTTATGGCGCGCTGGAGCATAACTTTACTGATGCCTGGAGCGGCT > NC_000913/4163882‑4164347 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |