| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,278,534 | 0 | C | T | 32.6% | 48.1 / 13.7 | 43 | S19L (TCA→TTA) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/18); new base T (14/0); total (25/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAGCCGCTATGATCGCCGGATAATCGTTTGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAA‑CGTTTCTGG‑CGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTC‑GTT‑GCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTG > NC_000913/4278288‑4278781 | aaaGCCGCTATGATCGCCGGATAATCGTTTGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACaa < 1:216195/251‑1 (MQ=255) 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ggATAATCGTTTGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGTGGAAGCACTGTCCGt < 1:315063/251‑1 (MQ=255) tAATCGTTTGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTAGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTTACTCGCCGCCTAGT‑TTTAAATTTT‑CACaaatggaaacccatgccctac > 1:270021/1‑231 (MQ=255) aTCGTTTGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTTACTCGGCGCCT‑GG‑GTTTAAATTT‑TACAACGGGGGAGGACTGTCCGTCAggg > 1:97402/1‑250 (MQ=255) gTTTGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGGCGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑TACAACGTGGGAGCACTGTCCGTccgggagg > 1:131331/1‑244 (MQ=255) tGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACCCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGGGGAAGCACTGTCCGTCAGGGAGTggg > 2:77419/1‑250 (MQ=255) ttttACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCCGCAACTTGTCGCCAACCTGGAGCAGGCAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGCTTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCCCTCGACCCCC‑GG‑TTTAAAATTTTCACA‑CGTGGAAGCACTCTCCGGCAgggaaagggttccgg > 1:124741/1‑238 (MQ=255) tttGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACCCGCCGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑TACAACGTGGGAGCACTGTCCCTCCGGAAGAGGGTGCCGGGGTtacaa‑ccgtt > 2:312910/1‑247 (MQ=255) tGTATGCGCTGAGCTAAACGTTTGCTTTTGTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAA‑CGTTTc < 2:97402/250‑1 (MQ=255) cgGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTAGCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAA‑CGTTTCTGG‑CGATgg < 1:300783/251‑1 (MQ=255) 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tGGAGCCGGAAGATAACGTTTCCCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGATCACTCCACGCCC‑GG‑TTTTAAATTT‑TACAACGCGGGAGCACTGTCCGTCCGGGAGAGGTTGCCGGGGTAAAAA‑AGTTTCTGG‑GGAGGGTGTATTCGGTCATCGTTGTTCCAAGGATGTTGGGGAAAACAGGCTTcc > 1:103954/1‑251 (MQ=255) aGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCCTCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGCCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACCCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑TACAACGAGGAAGCACTCTCCGCCCGGAAGTGGTTGCCGGGGTAACAA‑CGGTTCTGGGCG‑TGGGCTACTCGGGCATTGGTGTTTCAGGGATGTTTGGGAAAACAGGCTTTCCCCCTGCGGc > 1:343193/1‑251 (MQ=255) aGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGGTCACTCGGCGCCC‑GG‑GTTTAAATTT‑TACAAAGGGGAAGCACTGTCCGTCACGAAGGGGGTGCCGGGGTTACAA‑AGTTTCTGG‑CGCTAGGCTACTCGGTCATCGTCGTTCCCGGTATGGTTGGTAAAACAGGGCTCCCGccgggggg > 2:299956/1‑245 (MQ=255) 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cAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTAACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑TAAAACGTGGCAGCACTGTCCGTCCGGGAGTGGTTTACGGGGTATCAA‑AGTTTCTGG‑CGATGGGCTACTCGGTCCTCGTCGTTTCCGGGATGTTGGGGAAAGCAGGCTTCCCCCCTGCGGCCGTTTTC‑GTTTCCAACC‑GTCTGGTTGCCGGGCTCGGTTCTATCGTGCTgggggtttggg > 1:73992/1‑243 (MQ=255) gATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCCACCCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAA‑CGTTTCTGG‑CGATGGGCTACTCGGTCATCGTCGTTCCCGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTTCCGCCTGCGGCCGTTTTC‑GTT‑GCAACCTGTCTGGTTGCCCGACCCGGTTCTATTCTGATGGGGCTGTGGGGTaa > 1:179489/1‑250 (MQ=255) tGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCAAACCACGCCT‑GG‑GTTAAAAATT‑TACAACGTGGAAGCAATGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGGTTACAA‑CGTTTCTGG‑GGAAGGTCTACTCGGTCATCGTCGGTCCAGGGGTGTTTGGGAAAGCAAGCTTCCCGACTGCGGCAGTTTTTTGTT‑‑CAAACCGTCTGGGTGCCGGGCTCGGGTTTATCGTGATGGGGCTGTTGGGTAAttt > 1:212752/1‑249 (MQ=255) 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cGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGACC‑GG‑TTTAAAATTT‑TCCAACGTGGAAGCACTGTCCGTTAGGAAGTGGTTGCCGGGTTTACAA‑AGTTTTTGG‑CGATGGGCTACTCGGGAATAGTCGTTTCCGGTATGTTGGGAAAAGCACGCTTCCCGCCTGGGGCAGTTTTC‑GTT‑GCCACCTGTCTGGTTTGCGGGCTCGGTTCTTTCGCGATGGGGCTGTGGGCTATTTTGCCGGTGGCGGTTGGt > 1:241549/1‑251 (MQ=255) aCCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGTGGAAGCGCTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAA‑CGTTTCTGG‑GGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAATCAGGCGTCCCGCCTGCGGCAGGTTTC‑GTT‑GCGACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTGTCGTGATGGGTCTGTGTGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTccc < 1:401902/250‑1 (MQ=255) cacgcGACGCCG‑TG‑TTTAAAATTT‑CAAAACGTGGAAGCACTGCCCGTCAGGAAGGGGTTGCCGGGTTAAAAA‑CGTTTCTGG‑GGATGGTCTACCCGGTCAGCGTCGTTCCAGGTATGTGGGGAAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTC‑GTT‑GCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGttt < 2:112009/247‑1 (MQ=255) 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ttt‑CACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAA‑CGTTTCTGG‑CGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTC‑GTT‑GCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTgggggtg > 2:410032/1‑246 (MQ=255) | AAAGCCGCTATGATCGCCGGATAATCGTTTGCTTTTTTTACCACCCGTTTTGTATGCGCGGAGCTAAACGTTTGCTTTTTTGCGACGCAGCAAATTGTCGCAAACCTGGAGCAGGAAGATAACGTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GG‑TTTAAAATTT‑CACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAA‑CGTTTCTGG‑CGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTC‑GTT‑GCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTG > NC_000913/4278288‑4278781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |