| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 297,212 | C→T | intergenic (‑116/+169) | intF ← / ← yagP | putative phage integrase/putative LysR family substrate binding domain‑containing protein YagP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 297,212 | 0 | C | T | 100.0% | 38.7 / NA | 13 | intergenic (‑116/+169) | intF/yagP | putative phage integrase/putative LysR family substrate binding domain‑containing protein YagP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (7/6); total (7/6) | |||||||||||
AAGGTGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGT > NC_000913/296969‑297456 | aaGGTGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCATCGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATg < 2:304088/250‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATc > 1:223498/1‑250 (MQ=255) aCTGCTGGTGTAAGGAAATGAAAGGAATAAACCTCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGATTATTGATATAACTTGGAGTTTTCTAATATAAAGTATGTTGTTCTGATTGATTGATCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTACTGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTCTCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTAttt > 2:237260/1‑251 (MQ=255) gtgtAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGGTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATAGTTAAATACACCACGTTGCCTCCTGTGTCGTATTTGTGCCAt < 2:380445/251‑1 (MQ=255) aaCTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAATAGTTACCCCATATTTAAATACCCCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACt < 2:38120/251‑1 (MQ=255) aaGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCtt > 1:364955/1‑251 (MQ=255) aaGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACGCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATGCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCtt < 1:283112/251‑1 (MQ=255) tATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTCACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTg > 1:112228/1‑250 (MQ=255) gttgttTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACAACGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGt < 1:84485/251‑1 (MQ=255) tttGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTc > 1:311019/1‑250 (MQ=255) aaGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGGTCTTACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTg < 1:265687/227‑1 (MQ=255) aaGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACATTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCAGCCATTCTTTg > 2:265687/1‑227 (MQ=255) cGCATTTGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCACCGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCATGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCtgg > 2:267905/1‑250 (MQ=255) | AAGGTGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGT > NC_000913/296969‑297456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |