| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,344,423 | 0 | T | C | 74.3% | 54.6 / 13.8 | 36 | I352T (ATC→ACC) | melB | melibiose:H(+)/Na(+)/Li(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/7); new base C (11/15); total (13/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAGCTGCTAACCTGGTGACGTTAGTATTCTTCCCACGCTTAGTTAAATCATTATCCCGACGCATTTTATGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCT > NC_000913/4344195‑4344665 | gAGCTGCTAACCTGGTGACGTTAGTATTCTTCCCACGCTTAGTTAAATCATTATCCCGACGCATTTTATGTGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCTCA‑ACGTCGTCCGCATTGTGATTGCTGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTGTCTGGGTATGACATGTCATCATGGTTGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATaaa < 1:255204/251‑1 (MQ=255) tagcgACGTTGGTCTTCTTCCCACGCTTAGTTAAATCATTATCCCGCCGCATTTTATGGGCCGGAGCATCTATTCTAACGGTGTTAAGCTGTGTAGTTCTCCTGTTACTGACATTATTGAGCTAAC‑CACACGTCGTCCTCTTTGTGATTGCGGGTCTTTTGCTGAATGTGGGTACGGCGCTTTTCTGGGCATTACAGGTCATCATGGAGGCAGATACCGTTGATTACGGTAAATCGAACCTGCTCGTACGc > 2:6266/5‑251 (MQ=255) aCGCATTTTATGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCg > 1:350021/1‑251 (MQ=255) gCATTTTATGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGt < 1:57330/251‑1 (MQ=255) aTTTTATGGGCCGGAGCAACTATTCCTCCGGAGATAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTCTCAAA‑ACGTCGTCCTCCTTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCAGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGCAGGGCGGTTc > 2:272843/1‑251 (MQ=255) tttATGGGCCGGTGCAGCTATTCTGCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCGCCGGGTAATGGCATTAATGAGCGAGCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGTATGTGGGAACGGCGCTTTTTTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATTCCGTGGGTTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGATAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTAGGGTGGTGAAGGTCGTTTCa < 2:60787/250‑1 (MQ=255) aTGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCt < 1:178558/251‑1 (MQ=255) ggCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCGGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTg < 2:95904/251‑1 (MQ=255) gCCGGAGCCTCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGGCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATAGCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCATTTGc < 2:356651/251‑1 (MQ=255) gCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTTGTTTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTTCTCCGTGCAGATTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCttt < 1:418476/251‑1 (MQ=255) aTTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGGCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCtttttt < 1:414711/248‑1 (MQ=255) gtTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTc < 2:298089/238‑1 (MQ=255) gtTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTc > 1:298089/1‑238 (MQ=255) gtTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTgg < 1:193646/251‑1 (MQ=255) tcCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTAtggtgg > 1:218579/1‑189 (MQ=255) tcCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTAtggtgg < 2:218579/189‑1 (MQ=255) ggCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACATGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTTCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTTCGGCTTTTGTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATg < 1:376829/251‑1 (MQ=255) 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gtgGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGGATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTTCCGAATGGTTAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAAc < 1:274220/251‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGtttt > 2:140894/1‑251 (MQ=255) cgcTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGAGTTCGGTGTATATAAACTGCACGGTCGCAGGGTAAGTTTCGCTTACTCCTTGCAGTGTATGGTGGTTAAGGGTGGTTCAGCCTTTGCGGTTTTTTTCATTGCGGGTGTGTTAGTGATGATTGGCTATGTGCCGAATGTTGAACAGTCGTCGCAAGCCCTATTAGGTATTCAGTTTATTATGATTGCTCTCCCAACTCTGTTTTTc < 2:135262/251‑1 (MQ=255) gcTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTtgt < 2:15086/153‑1 (MQ=255) gcTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTtgt > 1:15086/1‑153 (MQ=255) tttCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTATGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCAt < 1:205941/249‑1 (MQ=255) ttCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGGCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATggg > 2:70684/1‑250 (MQ=255) 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atGGTGGCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTGCCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCg > 1:196228/1‑251 (MQ=255) gtggCAGATACCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGttt < 1:139/251‑1 (MQ=255) ggCAGATATCGTTGATTACGGGGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTTAAGGGCGGTTCAGCTTTTGCGGCTTTTTTCTTTGCGGTTTTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCTAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTATGTATGCAGTTTATTAGGATTGCTCTACCAACTCTGGTTTTCATGGTAACTCTGATTCTCAACTTCCGTTTCt < 2:338951/251‑1 (MQ=255) | GAGCTGCTAACCTGGTGACGTTAGTATTCTTCCCACGCTTAGTTAAATCATTATCCCGACGCATTTTATGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACA‑ACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCT > NC_000913/4344195‑4344665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |