| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,334,406 | 0 | A | C | 72.7% | 64.4 / 27.1 | 44 | P395P (CCT→CCG) | eptA | phosphoethanolamine transferase EptA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/5); new base C (18/14); total (25/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCCGGGGCGATGGCATAAGGCAGACCGTGCAGATAGATGCCATTTTCACCTAACGATTCACCGTGGTCAGAAAGATAAACCAGGCTGGTGGTAAATTTATCCTGATGTTCTTTCAGCAGATTAATCGCTTTATCAACAATATAGTCGACGTAAACCAGCGTGTTGTCGTAAGTGTTCACCAGTTGCTCTTTGGTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGAGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCTTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCAAGCCCGTGGAACAGCACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGATCAGGTAGATTCAGCGCGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTCGCAGGCACCTTTACAGCCGCCATCGTTGTCATTCCACAGCACGTTGATGCCCGCTCGCTGAAT > NC_000913/4334160‑4334654 | aTCCGGGGCGATGGCATAAGGCAGACCGTGCAGATAGATGCCATTTTCACCTAACGATTCACCGTGGTCAGAAAGATAAACCAGGCTGGTGGTAAATTTATCCTGATGTTCTTTCAGCAGATTAATCGCTTTATCAACAATATAGTCGACGTAAACCAGCGTGTTGTCGTAAGTGTTCACCAGTTGCTCTTTGGTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGAGGCg > 2:185364/1‑251 (MQ=255) 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ttATCCTGATGTTCTTTCAGCAGATTAATCGCTTTATCAACAATATAGTCGACGTAAACCAGCGTGTTGTCGTAAGTGTTCACCAGTTGCTCTTTGCTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGCGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCt < 1:17956/185‑1 (MQ=255) ttATCCTGATGTTCTTTCAGCAGATTAATCGCTTTATCAACAATATAGTCGACGTAAACCAGCGTGTTGTCGTAAGTGTTCACCAGTTGCTATTTGCTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTACATTTCCTGAACTGCGGCGGATTGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCt > 2:17956/1‑185 (MQ=255) tattctgatgttagtgtatcagATTGATCGCTTTATCAACAATATAGCAGACGTGAACCAGCTTGTTTTCGAAAGTTTTCACCTGTTGCTCTTTGCTACAGTTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGCGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCCTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCCAGCCCGta < 2:14387/231‑2 (MQ=255) agATTAATCGCTTTATCAACAATATAGTCGACGTAAACCAGCGTGTTGTCGTAAGTGTTCACCAGTTGCTCTTTGCTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGCGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCCTGCAGGATATTGATGTACTCTTCCAGCCCGTGGCACAGTACTTCGTCATAGc > 1:93431/1‑250 (MQ=255) 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aGTTGCTCTTTGCTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGCGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCCTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCCAGCCCGGGGAACAGTACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGACCAGGCAGATTCAGCGCGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTc < 1:185524/251‑1 (MQ=255) gctACAGGTCGGGAGCTAATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGCGGCGGATTGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGTTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCCTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCCAGCCCGTGGAACAGTACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGACCAGGCAGATGCAGCGCGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTCGCAGGCACCt < 1:50954/248‑1 (MQ=255) gTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGCTGGGGTAAATTTCCTGAACTGAGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCTTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCAAGCCCGTGGAACAGCACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGCTCAGGTAGATTCAGCGCGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTCGCAGGCACCttt > 2:208251/1‑251 (MQ=255) 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aGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGCGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCCTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCCAGCCCGTGGAACAGTACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGACCAGGCAGATTCAGCGCGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTCGCAGGCACCTTTACAGCCGCCATCGTTGTCATTCCACAGc < 1:201703/251‑1 (MQ=255) ccTGAACTGCGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCCCGCCATCACCCTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCCAGCCCGTGGAACCGTACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGACCCGGCAGATTCAGCGAGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTCGCAGGCACCTTTACAGCCGCCATCGTTGTCCTTCCACAGCACGTTGATGCCcgcac > 2:410428/1‑249 (MQ=255) ggAGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCTTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCAAGCCCGTGGAACAGCACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGATCAGGTAGATTCAGCGCGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTCGCAGGCACCTTTACAGCCGCCATCGTTGTCAGTCCACAGCACGTTGATGCCCGCTCGCTGAAt < 1:208256/250‑1 (MQ=255) | ATCCGGGGCGATGGCATAAGGCAGACCGTGCAGATAGATGCCATTTTCACCTAACGATTCACCGTGGTCAGAAAGATAAACCAGGCTGGTGGTAAATTTATCCTGATGTTCTTTCAGCAGATTAATCGCTTTATCAACAATATAGTCGACGTAAACCAGCGTGTTGTCGTAAGTGTTCACCAGTTGCTCTTTGGTACAGGTCTGGATCTCATTGGTGTCGCAGGTTGGGGTAAATTTCCTGAACTGAGGCGGATAGCGGTTGTAATAGGTCGGACCGTGGCTGCCGATGGTGTGTAAGACAATCACGCCATCACCTTGCAGGTTATTGATGTACTCTTCAAGCCCGTGGAACAGCACTTCGTCATAGCATTCGCCGTTGATGCACTGATCAGGTAGATTCAGCGCGGTGACGTTCTGGTGAGGCACGCGGTCGCAGGCACCTTTACAGCCGCCATCGTTGTCATTCCACAGCACGTTGATGCCCGCTCGCTGAAT > NC_000913/4334160‑4334654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |