| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,585,480 | G→A | Q428* (CAA→TAA) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,585,480 | 0 | G | A | 98.6% | 263.4 / ‑4.2 | 74 | Q428* (CAA→TAA) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (38/33); total (41/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 | |||||||||||
CGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGG > NC_000913/4585240‑4585717 | cGCCAAGAGAACGGCGGGAGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCCTGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTAACGGTCGCCATCGCCAGCAGGCTCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCCTTTCAACCGCGCGGGCGGCATCTTCCTGATAAAAACGCAGGCCCCACTCGCTCATGCCAGGGTTATTGTC‑AACCCACTTGTTCTGTTTTTACAGTTCGCtt > 2:326577/1‑250 (MQ=255) cAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCg < 2:266852/251‑1 (MQ=255) aaCGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGGTTAAAACGCAGGGACCGGGGCAGGCGGAACAACAAGGCGATTGCCGGACGGGTTTTACCGGGACCGGTCGCCCTCGCCAGCCGGATCTCTTTTTTTCCCTTGACGATTGCCTTTTTAAACGCGCGGGCGGCCTCTTTCTGGTAATAACGCCGGCCCAGCCCGCTCCCTCCCGGGGTATCGGC‑CAACCACTCGTTCTGTTTTTTCGGTTTGCTGCCCAGCAtt > 2:40088/1‑251 (MQ=255) aCGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCAttt < 1:58371/251‑1 (MQ=255) cggTCGCCACGGAAGAGAATGAGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTAACGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCCACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATACTAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCCAAACC‑CTGATACTGTTTTTCCGGTTCGCTGCCGAGCATTTcc > 2:439994/1‑249 (MQ=255) gACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCGCGCTCATGCCAGGGTTATCTGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGct < 1:439994/251‑1 (MQ=255) aGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTc < 1:19491/251‑1 (MQ=255) 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ataaCGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AA‑CCACTGATTCTGTATTTGCGGTTCGCTGCCGAGCCTTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCCCGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGAGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCTAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTg > 2:119811/1‑251 (MQ=255) aaCGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTg < 2:405002/250‑1 (MQ=255) ggCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTGCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTGCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCGTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGAGTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTg < 2:203463/251‑1 (MQ=255) ccAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCAGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGATGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGCGCGGAGCCACTCGGGAAAGGCTTTCGACCTATTGCGGGTATCACGAAAGTCGCGATACCAGCTGCCGATTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGCTTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGATGGtt > 1:456731/1‑251 (MQ=255) cAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATAGCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATGTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGttt < 1:316053/251‑1 (MQ=255) aGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTc > 1:26676/1‑251 (MQ=255) ctcgctcATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCAt > 1:53555/1‑251 (MQ=255) cgctcATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATAc > 2:335716/1‑251 (MQ=255) cgctcATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATAc > 1:177263/1‑251 (MQ=255) cATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATActct < 2:92417/250‑1 (MQ=255) cAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACt < 1:209605/251‑1 (MQ=255) gggTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACATCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGc > 1:365453/1‑251 (MQ=255) tATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTc > 1:212724/1‑250 (MQ=255) tATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTc > 2:66525/1‑250 (MQ=255) ggC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGc > 1:121180/1‑250 (MQ=255) aCCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCa < 1:211633/251‑1 (MQ=255) tGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGCGCCTTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCgg > 2:203603/1‑251 (MQ=255) | CGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGC‑AAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGG > NC_000913/4585240‑4585717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |