Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,515,556 | G→A | S374S (AGC→AGT) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,515,556 | 0 | G | A | 97.6% | 127.9 / NA | 42 | S374S (AGC→AGT) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/16); minor base C (1/0); total (26/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
TGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAATACCGCGCACCCAGTAGTTACGCGGCGAGAGGGTG‑ATGCGTTTGCCTTGCTCCAGGTAGCCGCTGCGCAGGGTTTGGGTGTAGAACCCCTGAATGTTGAATTTATGCTGGCTGTCTGGCTGGAACTGGTAGCCCAGGCTCGCCAGCTTGCGACGACCCCAGAAGCGGTCATACGGGCGGGTGGATTGCCAGCGATCGGCGTCGTAATCCGCGCGAGACAGGCCACCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGC > NC_000913/4515309‑4515798 | gggCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAATACCGCGCACCCAGTAGTTACGCGGCGAGAGGGTG‑ATGCGTTTGCCTTGCTCCAGGTAGCCGCTGCGCAGGGTTTGGGTGTAGAACCCCTGAATGTTGAATTTATGCTGGCTGTCTGGCTGGAACTGGTAGCCCAGACTc < 2:349535/250‑1 (MQ=255) 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TGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAATACCGCGCACCCAGTAGTTACGCGGCGAGAGGGTG‑ATGCGTTTGCCTTGCTCCAGGTAGCCGCTGCGCAGGGTTTGGGTGTAGAACCCCTGAATGTTGAATTTATGCTGGCTGTCTGGCTGGAACTGGTAGCCCAGGCTCGCCAGCTTGCGACGACCCCAGAAGCGGTCATACGGGCGGGTGGATTGCCAGCGATCGGCGTCGTAATCCGCGCGAGACAGGCCACCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGC > NC_000913/4515309‑4515798 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |