| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,413,827 | G→A | intergenic (‑362/‑37) | envR ← / → acrE | DNA‑binding transcriptional repressor EnvR/multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,413,827 | 0 | G | A | 96.5% | 84.5 / ‑4.3 | 29 | intergenic (‑362/‑37) | envR/acrE | DNA‑binding transcriptional repressor EnvR/multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (18/10); total (19/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
ATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTCTTTCTGCGAGTTAACGCGTTGCCTTTTTGGGTAAATAACGCGCTTTTGGTTTTTTGAGGAATAGTAATGACGAAACATGCCAGGTTTTTCCTCCTGCCCTCCTTTATTCTGATCTCCGCGGCTTTAATCGCCGGTTGTAACGATAAGGGAGAAGAGAAAGCTCACGTCGGTGAACCGCAGGTTACCGTTCATATTGTAAAAACGGCCCCGTTAGAAGTTAAGACTGAATTACCAGGCCGCACCAATGCTTATCGTATAGCCGA > NC_000913/3413597‑3414060 | attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTCTTTCTGCGAGTTAACGCGTTGCCTTTTTGAGTAAATAACGCGCTTTTgg < 1:271326/250‑1 (MQ=255) 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ATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTCTTTCTGCGAGTTAACGCGTTGCCTTTTTGGGTAAATAACGCGCTTTTGGTTTTTTGAGGAATAGTAATGACGAAACATGCCAGGTTTTTCCTCCTGCCCTCCTTTATTCTGATCTCCGCGGCTTTAATCGCCGGTTGTAACGATAAGGGAGAAGAGAAAGCTCACGTCGGTGAACCGCAGGTTACCGTTCATATTGTAAAAACGGCCCCGTTAGAAGTTAAGACTGAATTACCAGGCCGCACCAATGCTTATCGTATAGCCGA > NC_000913/3413597‑3414060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |