| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,891,085 | G→A | P272S (CCG→TCG) | cysJ ← | sulfite reductase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,891,085 | 0 | G | A | 98.2% | 178.8 / NA | 56 | P272S (CCG→TCG) | cysJ | sulfite reductase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (26/29); minor base T (0/1); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
ATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTAACAGAGAGGCTAGCCACCAGCGGCGCGTCTTTGCTGTACGGGCTGGTGTGGATTTCATTTACCGCGCCAGTAGCGACGGATTGCGAAGGTGCCGCGACAGGCGCACGCGATTTAAGCGCATCAACCACGCGGGCGCGCCACTCGCTGGCAGCA > NC_000913/2890840‑2891323 | aTGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCGGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGACTGGt < 1:121507/251‑1 (MQ=255) 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cGCCCAGCGCGTCACCCGACTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTAACAGAGAGGCTAGCCACCAGCGGCGCGTCTTTGCTGTACGGGCTGGTGTGGATTTCATTTACCGCGCCAGTAGCGACGGATTGCGAAGGTGCCGCGACAGGCGCACGCGATTTAAGCGCATCAACCACGCGGGCGCGCCACTCGCTg < 1:269950/251‑1 (MQ=255) gcgcGTCACCCGACTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTAACAGAGAGGCTAGCCACCAGCGGCGCTTCTTTGCGGTACGGGCTGGTGTGGATTTCATTTACCGCGCCAGTAGCGACGGATTGCGAAGGTGCCGCGACAGGCGCACGCGAGTTAAGCGCATCAACCACGCGGGCGCGCCACTCGCTGgcagca < 1:37976/251‑1 (MQ=255) | ATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTAACAGAGAGGCTAGCCACCAGCGGCGCGTCTTTGCTGTACGGGCTGGTGTGGATTTCATTTACCGCGCCAGTAGCGACGGATTGCGAAGGTGCCGCGACAGGCGCACGCGATTTAAGCGCATCAACCACGCGGGCGCGCCACTCGCTGGCAGCA > NC_000913/2890840‑2891323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |