| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,713,873 | C→T | L369L (CTG→TTG) | dtpA → | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,713,873 | 0 | C | T | 96.7% | 98.3 / NA | 30 | L369L (CTG→TTG) | dtpA | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (13/16); total (14/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGCTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCG > NC_000913/1713634‑1714113 | gcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAAGCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTGCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGaaa < 2:157163/250‑1 (MQ=255) gTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAAtt < 1:47979/251‑1 (MQ=255) gCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTc < 1:252909/250‑1 (MQ=255) cAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGGGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTg < 1:125194/251‑1 (MQ=255) tttGCGGTTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGCGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGCTACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAgctggct > 2:115435/1‑251 (MQ=255) gCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTTACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGctggctgg < 1:111794/250‑1 (MQ=255) ttCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGCAAGCTGGCTGGTCGc > 2:10583/1‑250 (MQ=255) cGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCTAAATTCGCGTCTGACTCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCaa < 1:336552/250‑1 (MQ=255) aaCGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCCCTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTa < 1:12242/251‑1 (MQ=255) cctgctgatcccggggTCTGGCCTTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCGGGATCATCAGCGGGAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGGCGCTTGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTg < 2:147165/238‑1 (MQ=255) cTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCCTCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTg > 1:147165/1‑240 (MQ=255) tGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCACGTTTGCAATCGGCATGGGGATGTGTTCTGGGGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGTCGCTGGTATCGTTTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCACGCTATGGCCTGCAGAGCATCggg > 2:88881/1‑251 (MQ=255) ggCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATTATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACtga < 1:215466/251‑1 (MQ=255) ggCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACtg > 1:273849/1‑250 (MQ=255) cTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCtctggt > 1:80862/1‑251 (MQ=255) gAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGtt < 1:315376/250‑1 (MQ=255) ccGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTc > 1:307211/1‑250 (MQ=255) cGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCa > 2:48092/1‑250 (MQ=255) atcGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTTCTCAACTCGTTCCGCAGCg < 2:25195/251‑1 (MQ=255) gCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGGTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATggg < 1:143599/251‑1 (MQ=255) aGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAACCCTGATTggtggt > 2:235963/1‑251 (MQ=255) gCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGCTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGATGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGCTGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCgggg > 2:32424/1‑250 (MQ=255) tGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCg > 1:152220/1‑149 (MQ=255) tGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCg < 2:152220/149‑1 (MQ=255) gatGCGTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTTACCACTGCCGGTGCATACCTGCTTGTGGGTTATGTTTCGGGTATGCTGGCGGTGCCggg > 2:306219/3‑250 (MQ=255) gTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCa > 2:116377/1‑202 (MQ=255) gTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCa < 1:116377/202‑1 (MQ=255) gTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCg < 2:309726/244‑1 (MQ=255) gTTCCTGATTCTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTATGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCg > 1:309726/1‑244 (MQ=255) gatgcTGCCGTTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCg < 2:80862/247‑1 (MQ=255) | TCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTCTGGGTCTGGCCGTAGAACCTGAGCAGTATCAGGCACTGAACCCGTTCTGGATCATCATCGGTAGTCCGATTCTGGCCGCTATCTATAACAAGATGGGCGATACCCTGCCGATGCCAACCAAGTTTGCAATCGGCATGGTGATGTGTTCTGGTGCGTTCCTGATTCTGCCGCTGGGTGCGAAATTCGCGTCTGACGCTGGTATCGTGTCTGTAAGCTGGCTGGTCGCAAGCTATGGCCTGCAGAGCATCGGGGAACTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCG > NC_000913/1713634‑1714113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |