| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 481,030 | IS2 (–) +5 bp | intergenic (‑322/+220) | tomB ← / ← acrB | Hha toxicity modulator TomB/multidrug efflux pump RND permease AcrB |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 381260 = | NA (NA) | 22 (0.650) | 21/486 | 0.6 | 100% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 481030 = | 0 (0.000) | intergenic (‑322/+224) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/multidrug efflux pump RND permease AcrB | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 382590 | NA (NA) | 9 (0.260) | 9/486 | 1.6 | 100% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 481034 | 0 (0.000) | intergenic (‑326/+220) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/multidrug efflux pump RND permease AcrB | |||||
CGTTTGTTAGCTTAACTATAAGCCACTCTTTGCAGGTTTTCATCGCATTATTACGAAAAATTACAATTAGGAAGGAAGCGGGACAGGACTCACTTTTTCATACTAGCACTAACCCGCAGCAGGTAAAAGCAGTTTGCTCGAACTATTCATAACATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTC > NC_000913/480788‑481283 | tacgcagtctgcgtttatccggaactaagacataaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaaaactatcacttatttaagtgagattggttgtctggagattaagggggccagtctaGTTTGCTCGAACTATTCATAACATTTCAGGATTATCGCCAGGTGCAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTATGAATATGACGAAATAACCGAGGCAAGAATAAAGAATTaccgtgg < 2:200808‑M1/119‑4 (MQ=255) 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gATTGCTCTGAATATGACGTACTATCCGAGGAATAAATAAAGAATTTCCGgggatttgcccctatagtgccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgcctcagatattcccttggcgatcgataacccagcgcactagtcggatgccattcgttataatgctcgaactcctctgcaagtttctttgctgccgttatcccgtctggattgggcaggatactgatgtagtcacgccttatc > 2:286783‑M2/1‑50 (MQ=255) atGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGtggatttgcccctatatttcccgacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctgttttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagc < 2:230554‑M2/251‑215 (MQ=255) atGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttcttggctgccgtgaacccgtctgttttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttgacgaagc > 1:136715‑M2/1‑37 (MQ=255) 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aGAATTACCGcggctttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatcctgatgtagtcccgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggcc < 2:150281‑M2/251‑242 (MQ=255) tACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAACGATTATCGATTATTAACTCTATTAGCGCTACTTAATCTAAATTAACTAACCATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCACTTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCtgtg > 1:325185/1‑251 (MQ=255) cGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactccgcacc > 2:346432‑M2/1‑2 (MQ=255) | CGTTTGTTAGCTTAACTATAAGCCACTCTTTGCAGGTTTTCATCGCATTATTACGAAAAATTACAATTAGGAAGGAAGCGGGACAGGACTCACTTTTTCATACTAGCACTAACCCGCAGCAGGTAAAAGCAGTTTGCTCGAACTATTCATAACATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTC > NC_000913/480788‑481283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |