GWM
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233
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231
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コムギの最初のSSRマーカー連鎖地図に用いられた(Roder et al. 1998)。230プライマーセットによる279遺伝子座についてITMI (International Triticeae Mapping)集団で連鎖地図が作成された。231プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。USDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"ではWMSとして記載されている。
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BARC
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123
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122
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ITMI (International Triticeae Mapping Initiative) 集団の連鎖地図作製を目的として540プライマー対が開発され、そのうちの315プライマー対からの347遺伝子座について連鎖地図が作成された(Song et al. 2005)。126遺伝子座(36%)はAゲノムに、125遺伝子座(36%)はBゲノムに、96遺伝子座(28%)はDゲノムにマップされた。122プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。本事業では、当初Somersらの122プライマー対のみを合成したが、推奨マーカー選定の過程で、Somersらで用いられなかった1マーカー(1プライマー対)を追加して合成した。
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CFA
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55
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28
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INRA (French National Institute for Agricultual Research) が開発。55プライマー対の配列を公開。28プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。配列はUSDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"参照。(参考文献:Sourdille P, Guyomarc’h H, Baron C, Gandon B, Chiquet V et al (2001) Improvement of the genetic maps of wheat using new microsatellite markers. Plant & animal genome IX, final abstracts guide. Applied Biosystems Press, Foster City, Calif.,p 167)
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CFD
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130
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96
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INRA (French National Institute for Agricultual Research) が開発。130プライマー対の配列を公開。Dゲノム二倍体野生種(Ae. tauschii)をもとに開発された(Guyomarc'h et al. 2002)。CtCS集団で多型であった84プライマー対からの100遺伝子座について連鎖地図を作成。64遺伝子座(64%)がDゲノムの遺伝子座。96プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。
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GDM
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21
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21
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Dゲノム二倍体野生種(Ae. Tauschii)をもとに65プライマー対が開発された(Pestsova et al. 2000)。48プライマー対からの55遺伝子座についてITMI集団で連鎖地図を作成。42遺伝子座(76%)がDゲノムの遺伝子座。21プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。
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WMC
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652
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286
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the Wheat Microsatellite Consortiumが開発したマーカー。353プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられ、うち彼らの報告の中で配列が公表されているのは286である。これら286のうちの220を含む586プライマー対の配列を協会が公開している。本事業では協会が配列を公開している全586プライマー対と、協会の公開にはなくSomersらの中で配列が示されている66を合わせた計652プライマー対を合成した。なお、USDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"では829プライマー対の配列が公開されている。
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HBG, HBE, HBD, HEG
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249
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0
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農業・食品産業技術総合研究機構 作物研究所のDNAマーカープロジェクトとして株式会社北海道グリーンバイオ研究所が開発(Torada et al. 2006)。HBG(157), HBE(81), HBD(10), HEG(1)あわせて249プライマー対を公開。これらのうち216プライマー対からの250遺伝子座が、既報SSRマーカー(GWM, GDM, WMC, BARC, CFD)の213遺伝子座、形態マーカーの1遺伝子座とともに、Kitamoe/Munstertaler (KM)集団でマップされた。 250遺伝子座のうち185遺伝子座はゲノミックライブラリーから、65遺伝子座はEST (expressed sequence tag)を含むシークエンスデータベースから開発された。本事業では249プライマー対全てを合成した。
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CFE
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301
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0
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INRA (French National Institute for Agricultual Research) が開発。265個のコムギのマイクロサテライトを含むEST (expressed sequence tag)から300プライマー対が開発された。(Zhang LY et al. 2005)。301プライマー対の配列をUSDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"で公開。
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STM
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684
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0
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Sequence-tagged microsatellite. アンカープライマーを使うことで、複数のプライマー対から同時に増幅する方法であるマルチプレックスPCR法が使えるのが利点として開発された。684プライマー対が開発された。ITMI (International Triticeae Mapping Initiative) 集団において296プライマー対からの366遺伝子座がマップされた。そのほか2つのマッピング集団でもマップされて、合わせて380プライマー対が3つのマッピング集団にマップされた(Hayden, MJ et al. 2006)。
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合計
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2546
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784
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