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本事業で中心として使用しているマップの出典

  • Somers et al. 2004
    [概略]　WMC, GWM, GDM, CFA, CFD, BARCマーカーの合計863プライマー対からの1235遺伝子座について、パンコムギの独立した4つの連鎖地図のコンセンサスマップを作成した。

本事業で用いた多くのプライマー配列情報の出典


本事業で使用するマーカーの説明

マーカー 合成したプライマー対数 うちSomersらのマップに
用いられた数 		説明
GWM 233 231 コムギの最初のSSRマーカー連鎖地図に用いられた(Roder et al. 1998)。230プライマーセットによる279遺伝子座についてITMI (International Triticeae Mapping)集団で連鎖地図が作成された。231プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。USDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"ではWMSとして記載されている。
BARC 123 122 ITMI (International Triticeae Mapping Initiative) 集団の連鎖地図作製を目的として540プライマー対が開発され、そのうちの315プライマー対からの347遺伝子座について連鎖地図が作成された(Song et al. 2005)。126遺伝子座(36%)はAゲノムに、125遺伝子座(36%)はBゲノムに、96遺伝子座(28%)はDゲノムにマップされた。122プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。本事業では、当初Somersらの122プライマー対のみを合成したが、推奨マーカー選定の過程で、Somersらで用いられなかった1マーカー（1プライマー対）を追加して合成した。
CFA 55 28 INRA (French National Institute for Agricultual Research) が開発。55プライマー対の配列を公開。28プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。配列はUSDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"参照。（参考文献：Sourdille P, Guyomarc’h H, Baron C, Gandon B, Chiquet V et al (2001) Improvement of the genetic maps of wheat using new microsatellite markers. Plant & animal genome IX, final abstracts guide. Applied Biosystems Press, Foster City, Calif.,p 167）
CFD 130 96 INRA (French National Institute for Agricultual Research) が開発。130プライマー対の配列を公開。Dゲノム二倍体野生種(Ae. tauschii)をもとに開発された(Guyomarc'h et al. 2002)。CtCS集団で多型であった84プライマー対からの100遺伝子座について連鎖地図を作成。64遺伝子座(64%)がDゲノムの遺伝子座。96プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。
GDM 21 21 Dゲノム二倍体野生種(Ae. Ｔauschii)をもとに65プライマー対が開発された(Pestsova et al. 2000)。48プライマー対からの55遺伝子座についてITMI集団で連鎖地図を作成。42遺伝子座（76%)がDゲノムの遺伝子座。21プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられた。
WMC 652 286 the Wheat Microsatellite Consortiumが開発したマーカー。353プライマー対がSomersら(2004)のコンセンサスマップ作成に用いられ、うち彼らの報告の中で配列が公表されているのは286である。これら286のうちの220を含む586プライマー対の配列を協会が公開している。本事業では協会が配列を公開している全586プライマー対と、協会の公開にはなくSomersらの中で配列が示されている66を合わせた計652プライマー対を合成した。なお、USDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"では829プライマー対の配列が公開されている。
HBG, HBE, HBD, HEG 249 0 農業・食品産業技術総合研究機構　作物研究所のDNAマーカープロジェクトとして株式会社北海道グリーンバイオ研究所が開発（Torada et al. 2006）。HBG(157), HBE(81), HBD(10), HEG(1)あわせて249プライマー対を公開。これらのうち216プライマー対からの250遺伝子座が、既報SSRマーカー（GWM, GDM, WMC, BARC, CFD)の213遺伝子座、形態マーカーの1遺伝子座とともに、Kitamoe/Munstertaler (KM)集団でマップされた。　250遺伝子座のうち185遺伝子座はゲノミックライブラリーから、65遺伝子座はEST (expressed sequence tag)を含むシークエンスデータベースから開発された。本事業では249プライマー対全てを合成した。
CFE 301 0 INRA (French National Institute for Agricultual Research) が開発。265個のコムギのマイクロサテライトを含むEST (expressed sequence tag)から300プライマー対が開発された。(Zhang LY et al. 2005)。301プライマー対の配列をUSDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes"で公開。
STM 684 0 Sequence-tagged microsatellite. アンカープライマーを使うことで、複数のプライマー対から同時に増幅する方法であるマルチプレックスPCR法が使えるのが利点として開発された。684プライマー対が開発された。ITMI (International Triticeae Mapping Initiative) 集団において296プライマー対からの366遺伝子座がマップされた。そのほか2つのマッピング集団でもマップされて、合わせて380プライマー対が３つのマッピング集団にマップされた(Hayden, MJ et al. 2006)。
合計 2546 784  

参考文献および参考サイトとリンク先

Guyomarc'h et al. 2002 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12582627
Hayden, MJ et al. 2006 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16932882
Pestsova et al. 2000 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10984182
Roder et al. 1998 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9691054
Somers et al. 2004 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15490101
Song et al. 2005 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15655666
Torada et al. 2006 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16450184
Zhang LY et al. 2005 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16034582
USDAの農学研究サービスサイト "GrainGenes" http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
the Wheat Microsatellite Consortium http://wheat.pw.usda.gov/ggpages/SSR/WMC/
農業・食品産業技術総合研究機構
作物研究所のDNAマーカープロジェクト 		http://nics.naro.affrc.go.jp/team/dna_marker/
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