BLAST Help

使用できる検索プログラム

------------------------- blastn - 塩基配列を塩基配列データベースと比較します。 blastp - アミノ酸配列をアミノ酸データベースと比較します。 blastx - アミノ酸配列データベースに対して、塩基酸配列を6通りすべての reading frames について 翻訳して比較します。

パラメーター

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expect

出力される配列に関して統計的な閾値を指定します。この値は、データベースの関連のない配列中から 偶然に一致する配列の数の期待値であり、この条件よりも偶然に一致する配列が少ないと統計的に計算 された配列が出力されます。多くの相同な配列を出力させるには、この値を大きく指定します。逆に、 非常に高い相同性を持つ配列だけを出力させるには、この値を小さく指定します。

filter

ON : クエリ配列のうち構造の複雑度が低い領域はフィルタリングされ、無視されます。 一般に複雑度の低い領域は構造的な偏りが反映されて、異常に高いスコアがつく傾向があります。 フィルタリングを行うことにより、 proline-rich 領域や poly-A tails に対する一致など、 有意でない一致を結果から除くことができます。 blastn 使用時にはプログラム DUST により、他の場合はプログラム SEG によりフィルタリング が行われます。 フィルタープログラムによって見つけられた低複雑度領域には、"N"(塩基配列、例:"NNNNNNNNNNNNN") または"X"(タンパク質配列、例:"XXXXXXXXX")の文字が代入されます。 OFF: フィルターを行いません。

query_code (blastx only)

blastxプログラムを使用した場合、翻訳で使用されるクエリー配列の遺伝コードを指定する。 1 = 標準 2 = 脊椎動物のミトコンドリア 3 = イースト菌のミトコンドリア 4 = 腐植土のミトコンドリア 5 = 無脊椎動物のミトコンドリア 6 = 繊毛虫のミトコンドリア 9 = 棘皮動物のミトコンドリア 10 = Euplotidの核 11 = バクテリア 12 = Alternative Yeast Nuclear 13 = Ascidianミトコンドリア 14 = 扁形動物のミトコンドリア 15 = Blepharisma Macronuclear デフォルト値: 1