更新情報系統 - 野生イネ - 野生イネ(コアコレクション) - 概要
野生イネ(コアコレクション) Rank1 Rank2 Rank3 No Rank
コアコレクションは代表的な野生イネのコレクションで、種（species)レベルでは18種類、ゲノムではAA、BB、CC、BBCC、CCDD、EE、FF、GGおよびHHJJの9種類を網羅しています。
これらは世界各地で採集され今日国立遺伝学研究所において野生イネストックとして 保存しています。
コアコレクションは、
- 特有の表現型を示す典型的な種を含むこと。
- 生息地の分布が広範囲であること
- 比較的強い系統であること。
- 種子が入手可能であること。
などを基準として選択しました。
研究者の方にはなるべくコアコレクションを利用されることをお勧めします。
そうすればコアコレクションに関する有用情報がどんどん蓄積されるからです。利用者のために３つのランクのコアコレクションを用意いたしました。
コアコレクション
コアコレクションRank1は、18の種(各々からの少数)からの44の代表的なアクセッションを含んでいます。
コアコレクションRank2は、65の推薦コレクションです。
同じ種の中でより多くのアクセッションを使用したい研究者のために、173のアクセッションからなる補足的コレクションRank3を用意しました。これらはこれまでに研究材料として利用されたものであり、何らかの方法で 特徴が調べられているものです。
コアコレクションにおける器官の表現形質や成長特性などは、画像データや数値データを添えて提供しています。今後もコアコレクションに関する情報を継続的に収集していくつもりです。
野生イネに関してもっと詳しい情報を知りたい方は Basic biological dataの野生イネのサイトも見てください。( Basic Biological Data )
(*) F: 維持方法 {S:自殖, V:栄養体}
AAゲノムアクセッションには、レトロポゾンp-SINE1の挿入の有無に基づく種の判定基準「SINEコード」を掲載しました。
いくつかの代表的なp-SINE1遺伝子座について、挿入の有無を1（有）と0（無）で表したものです。種ごとの判定基準の詳細は(SINEコード)を見て下さい。
ゲノム識別マーカーの解析
1系統あたりの分譲数量は、種子:5粒、植物体:移植栽培可能な株、DNA:1μgとします。なお、DNAはCTAB法で抽出し(サザン可能レベル)、濃度を原則100ng/μlに調整したTE溶液となります。
種子・植物体・DNA以外の形態を希望する場合は連絡して下さい。(連絡用ページへ)
