Tools - Reference - Detail

Reference Detail

Author Asano K. , Yamasaki M. , Takuno S. , Miura K. , Katagiri S. , Ito T. , Doi K. , Wu J. , Ebana K. , Matsumoto T. , Innan H. , Kitano H. , Ashikari M. , Matsuoka M.
Title From the Cover: Artificial selection for a green revolution gene during japonica rice domestication.
The semidwarf phenotype has been extensively selected during modern crop breeding as an agronomically important trait. Introduction of the semidwarf gene, semi-dwarf1 (sd1), which encodes a gibberellin biosynthesis enzyme, made significant contributions to the "green revolution" in rice (Oryza sativa L.). Here we report that SD1 was involved not only in modern breeding including the green revolution, but also in early steps of rice domestication. We identified two SNPs in O. sativa subspecies (ssp.) japonica SD1 as functional nucleotide polymorphisms (FNPs) responsible for shorter culm length and low gibberellin biosynthetic activity. Genetic diversity analysis among O. sativa ssp. japonica and indica, along with their wild ancestor O. rufipogon Griff, revealed that these FNPs clearly differentiate the japonica landrace and O. rufipogon. We also found a dramatic reduction in nucleotide diversity around SD1 only in the japonica landrace, not in the indica landrace or O. rufipogon. These findings indicate that SD1 has been subjected to artificial selection in rice evolution and that the FNPs participated in japonica domestication, suggesting that ancient humans already used the green revolution gene.
Journal Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
Country Japan
Volume 108(27)
Pages 11034-9
Year 2011
PubMed ID 21646530
PubMed Central ID -
DOI 10.1073/pnas.1019490108
Gene SD1
INSD AB633333 AB633334 AB633335 AB633336 AB633337 AB633338 AB633339 AB633340 AB633341 AB633342 AB633343 AB633344 AB633345 AB633346 AB633347 AB633348 AB633349 AB633350 AB633351 AB633352 AB633353 AB633354 AB633355 AB633356 AB633357 AB633358 AB633359 AB633360 AB633361 AB633362 AB633363 AB633364 AB633365 AB633366 AB633367 AB633368 AB633369 AB633370 AB633371 AB633372 AB633373 AB633374 AB633375 AB633376 AB633377 AB633378 AB633379 AB633380 AB633381 AB633382 AB633383 AB633384 AB633385 AB633386 AB633387 AB633388 AB633389 AB633390 AB633391 AB633392 AB633393 AB633394 AB633395 AB633396 AB633397 AB633398 AB633399 AB633400 AB633401 AB633402 AB633403 AB633404 AB633405 AB633406 AB633407 AB633408 AB633409 AB633410 AB633411 AB633412 AB633413 AB633414 AB633415 AB633416 AB633417 AB633418 AB633419 AB633420 AB633421 AB633422 AB633423 AB633424 AB633425 AB633426 AB633427 AB633428 AB633429 AB633430 AB633431 AB633432 AB633433 AB633434 AB633435 AB633436 AB633437 AB633438 AB633439 AB633440 AB633441 AB633442 AB633443 AB633444 AB633445 AB633446 AB633447 AB633448 AB633449 AB633450 AB633451 AB633452 AB633453 AB633454 AB633455 AB633456 AB633457 AB633458 AB633459 AB633460 AB633461 AB633462 AB633463 AB633464 AB633465 AB633466 AB633467 AB633468 AB633469 AB633470 AB633471 AB633472 AB633473 AB633474 AB633475 AB633476 AB633477 AB633478 AB633479 AB633480 AB633481 AB633482 AB633483 AB633484 AB633485 AB633486 AB633487 AB633488 AB633489 AB633490 AB633491 AB633492 AB633493 AB633494 AB633495 AB633496 AB633497 AB633498 AB633499 AB633500 AB633501 AB633502 AB633503 AB633504 AB633505 AB633506 AB633507 AB633508 AB633509 AB633510 AB633511 AB633512 AB633513 AB633514 AB633515 AB633516 AB633517 AB633518 AB633519 AB633520 AB633521 AB633522 AB633523 AB633524 AB633525 AB633526 AB633527 AB633528 AB633529 AB633530 AB633531 AB633532 AB633533 AB633534 AB633535 AB633536 AB633537 AB633538 AB633539 AB633540 AB633541 AB633542 AB633543 AB633544 AB633545 AB633546 AB633547 AB633548 AB633549 AB633550 AB633551 AB633552 AB633553 AB633554 AB633555 AB633556 AB633557 AB633558 AB633559 AB633560 AB633561 AB633562 AB633563 AB633564 AB633565 AB633566 AB633567 AB633568 AB633569 AB633570 AB633571 AB633572 AB633573 AB633574 AB633575 AB633576 AB633577 AB633578 AB633579 AB633580 AB633581 AB633582 AB633583 AB633584 AB633585 AB633586 AB633587 AB633588 AB633589 AB633590 AB633591 AB633592 AB633593 AB633594 AB633595 AB633596 AB633597 AB633598 AB633599 AB633600 AB633601 AB633602 AB633603 AB633604 AB633605 AB633606 AB633607 AB633608 AB633609 AB633610 AB633611 AB633612 AB633613 AB633614 AB633615 AB633616 AB633617 AB633618 AB633619 AB633620 AB633621 AB633622 AB633623 AB633624 AB633625 AB633626 AB633627 AB633628 AB633629 AB633630 AB633631 AB633632 AB633633 AB633634 AB633635 AB633636 AB633637 AB633638 AB633639 AB633640 AB633641 AB633642 AB633643 AB633644 AB633645 AB633646 AB633647 AB633648 AB633649 AB633650 AB633651 AB633652 AB633653 AB633654 AB633655 AB633656 AB633657 AB633658 AB633659 AB633660 AB633661 AB633662 AB633663 AB633664 AB633665 AB633666 AB633667 AB633668 AB633669 AB633670 AB633671 AB633672 AB633673 AB633674 AB633675 AB633676 AB633677 AB633678 AB633679 AB633680 AB633681 AB633682 AB633683 AB633684 AB633685 AB633686 AB633687 AB633688 AB633689 AB633690 AB633691 AB633692 AB633693 AB633694 AB633695 AB633696 AB633697 AB633698 AB633699 AB633700 AB633701 AB633702 AB633703 AB633704 AB633705 AB633706 AB633707 AB633708 AB633709 AB633710 AB633711 AB633712 AB633713 AB633714 AB633715 AB633716 AB633717 AB633718 AB633719 AB633720 AB633721 AB633722 AB633723 AB633724 AB633725 AB633726 AB633727 AB633728 AB633729 AB633730 AB633731 AB633732 AB633733 AB633734 AB633735 AB633736 AB633737 AB633738 AB633739 AB633740 AB633741 AB633742 AB633743 AB633744 AB633745 AB633746 AB633747 AB633748 AB633749 AB633750 AB633751 AB633752 AB633753 AB633754 AB633755 AB633756 AB633757 AB633758 AB633759 AB633760 AB633761 AB633762 AB633763 AB633764 AB633765 AB633766 AB633767 AB633768 AB633769 AB633770 AB633771 AB633772 AB633773 AB633774 AB633775 AB633776 AB633777 AB633778 AB633779 AB633780 AB633781 AB633782 AB633783 AB633784 AB633785 AB633786 AB633787 AB633788 AB633789 AB633790 AB633791 AB633792 AB633793 AB633794 AB633795 AB633796 AB633797 AB633798 AB633799 AB633800 AB633801 AB633802 AB633803 AB633804 AB633805 AB633806 AB633807 AB633808 AB633809 AB633810 AB633811 AB633812 AB633813 AB633814 AB633815 AB633816 AB633817 AB633818 AB633819 AB633820 AB633821 AB633822 AB633823 AB633824 AB633825 AB633826 AB633827 AB633828 AB633829 AB633830 AB633831 AB633832 AB633833 AB633834 AB633835 AB633836 AB633837 AB633838 AB633839 AB633840 AB633841 AB633842 AB633843 AB633844 AB633845 AB633846 AB633847 AB633848 AB633849 AB633850 AB633851 AB633852 AB633853 AB633854 AB633855 AB633856 AB633857 AB633858 AB633859 AB633860 AB633861 AB633862 AB633863 AB633864 AB633865 AB633866 AB633867 AB633868 AB633869 AB633870 AB633871 AB633872 AB633873 AB633874 AB633875 AB633876 AB633877 AB633878 AB633879 AB633880 AB633881 AB633882 AB633883 AB633884 AB633885 AB633886 AB633887 AB633888 AB633889 AB633890 AB633891 AB633892 AB633893 AB633894 AB633895 AB633896 AB633897 AB633898 AB633899 AB633900 AB633901 AB633902 AB633903 AB633904 AB633905 AB633906 AB633907 AB633908 AB633909 AB633910 AB633911 AB633912 AB633913 AB633914 AB633915 AB633916 AB633917 AB633918 AB633919 AB633920 AB633921 AB633922 AB633923 AB633924 AB633925 AB633926 AB633927 AB633928 AB633929 AB633930 AB633931 AB633932 AB633933 AB633934 AB633935 AB633936 AB633937 AB633938 AB633939 AB633940 AB633941 AB633942 AB633943 AB633944 AB633945 AB633946 AB633947 AB633948 AB633949 AB633950 AB633951 AB633952 AB633953 AB633954 AB633955 AB633956 AB633957 AB633958 AB633959 AB633960 AB633961 AB633962 AB633963 AB633964 AB633965 AB633966 AB633967 AB633968 AB633969 AB633970 AB633971 AB633972 AB633973 AB633974 AB633975 AB633976 AB633977 AB633978 AB633979 AB633980 AB633981 AB633982 AB633983 AB633984 AB633985 AB633986 AB633987 AB633988 AB633989 AB633990 AB633991 AB633992 AB633993 AB633994 AB633995 AB633996 AB633997 AB633998 AB633999 AB634000 AB634001 AB634002 AB634003 AB634004 AB634005 AB634006 AB634007 AB634008 AB634009 AB634010 AB634011 AB634012 AB634013 AB634014 AB634015 AB634016 AB634017 AB634018 AB634019 AB634020 AB634021 AB634022 AB634023 AB634024 AB634025 AB634026 AB634027 AB634028 AB634029 AB634030 AB634031 AB634032 AB634033 AB634034 AB634035 AB634036 AB634037 AB634038 AB634039 AB634040 AB634041 AB634042 AB634043 AB634044 AB634045 AB634046 AB634047 AB634048 AB634049 AB634050 AB634051 AB634052 AB634053 AB634054 AB634055 AB634056 AB634057 AB634058 AB634059 AB634060 AB634061 AB634062 AB634063 AB634064 AB634065 AB634066 AB634067 AB634068 AB634069 AB634070 AB634071 AB634072 AB634073 AB634074 AB634075 AB634076 AB634077 AB634078 AB634079 AB634080 AB634081 AB634082 AB634083 AB634084 AB634085 AB634086 AB634087 AB634088 AB634089 AB634090 AB634091 AB634092 AB634093 AB634094 AB634095 AB634096 AB634097 AB634098 AB634099 AB634100 AB634101 AB634102 AB634103 AB634104 AB634105 AB634106 AB634107 AB634108 AB634109 AB634110 AB634111 AB634112 AB634113 AB634114 AB634115 AB634116 AB634117 AB634118 AB634119 AB634120 AB634121 AB634122 AB634123 AB634124 AB634125 AB634126 AB634127 AB634128 AB634129 AB634130 AB634131 AB634132 AB634133 AB634134 AB634135 AB634136 AB634137 AB634138 AB634139 AB634140 AB634141 AB634142 AB634143 AB634144 AB634145 AB634146 AB634147 AB634148 AB634149 AB634150 AB634151 AB634152 AB634153 AB634154 AB634155 AB634156 AB634157 AB634158 AB634159 AB634160 AB634161 AB634162 AB634163 AB634164 AB634165 AB634166 AB634167 AB634168 AB634169 AB634170 AB634171 AB634172 AB634173 AB634174 AB634175 AB634176 AB634177 AB634178 AB634179 AB634180 AB634181 AB634182 AB634183 AB634184 AB634185 AB634186 AB634187 AB634188 AB634189 AB634190 AB634191 AB634192 AB634193 AB634194 AB634195 AB634196 AB634197 AB634198 AB634199 AB634200 AB634201 AB634202 AB634203 AB634204 AB634205 AB634206 AB634207 AB634208 AB634209 AB634210 AB634211 AB634212 AB634213 AB634214 AB634215 AB634216 AB634217 AB634218 AB634219 AB634220 AB634221 AB634222 AB634223 AB634224 AB634225 AB634226 AB634227 AB634228 AB634229 AB634230 AB634231 AB634232 AB634233 AB634234 AB634235 AB634236 AB634237 AB634238 AB634239 AB634240 AB634241 AB634242 AB634243 AB634244 AB634245 AB634246 AB634247 AB634248 AB634249
Strain Wild Core Collection -
Induced Mutation Lines(NIG Collection) -
Sterile Seed Strain -
Lethal Embryo
Mutantion Strain
Stages in Each Organ
- Muant Lines (Gene)
Cultivated Varieties(NIG Collection) -
Stages in Each Organ -