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Author Tang,T., Lu,J., Huang,J., He,J., McCouch,S.R., Shen,Y., Kai,Z., Purugganan,M.D., Shi,S. and Wu,C.-I.
Title Genomic Variation in Rice: Genesis of Highly Polymorphic Linkage Blocks during Domestication
Genomic regions that are unusually divergent between closely related species or racial groups can be particularly informative about the process of speciation or the operation of natural selection. The two sequenced genomes of cultivated Asian rice, Oryza sativa, reveal that at least 6% of the genomes are unusually divergent. Sequencing of ten unlinked loci from the highly divergent regions consistently identified two highly divergent haplotypes with each locus in nearly complete linkage disequilibrium among 25 O. sativa cultivars and 35 lines from six wild species. The existence of two highly divergent haplotypes in high divergence regions in species from all geographical areas (Africa, Asia, and Oceania) was in contrast to the low polymorphism and low linkage disequilibrium that were observed in other parts of the genome, represented by ten reference loci. While several natural processes are likely to contribute to this pattern of genomic variation, domestication may have greatly exaggerated the trend. In this hypothesis, divergent haplotypes that were adapted to different geographical and ecological environments migrated along with humans during the development of domesticated varieties. If true, these high divergence regions of the genome would be enriched for loci that contribute to the enormous range of phenotypic variation observed among domesticated breeds.
Journal PLoS Genet. 2 (11), e199 REMARK Publication Status: Online-Only
Country China
Volume 2(11)
Year 2006
PubMed ID 17112320
PubMed Central ID -
DOI 10.1371/journal.pgen.0020199
Gene CCA1 GI HKT1 MSP1 PITA SBE1 SPL7 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ qSH1
INSD AY885729 AY885730 AY885731 AY885732 AY885733 AY885734 AY885735 AY885736 AY885737 AY885738 AY885739 AY885740 AY885741 AY885742 AY885743 AY885744 AY885745 AY885746 AY885747 AY885748 AY885749 AY885750 AY885751 AY885752 AY885753 AY885754 AY885755 AY885756 AY885757 AY885758 AY885759 AY885760 AY885761 AY885762 AY885763 AY885764 AY885765 AY885766 AY885767 AY885768 AY885769 AY885770 AY885771 AY885772 AY885773 AY885774 AY885775 AY885776 AY885777 AY885778 AY885779 AY885780 AY885781 AY885782 AY885783 AY885784 AY885785 AY885786 AY885787 AY885788 AY885789 AY885790 AY885791 AY885792 AY885793 AY885794 AY885795 AY885796 AY885797 AY885798 AY885799 AY885800 AY885801 AY885802 AY885803 AY885804 AY885805 AY885806 AY885807 AY885808 AY885809 AY885810 AY885811 AY885812 AY885813 AY885814 AY885815 AY885816 AY885817 AY885818 AY885819 AY885820 AY885821 AY885822 AY885823 AY885824 AY885825 AY885826 AY885827 AY885828 AY885857 AY885858 AY885859 AY885860 AY885861 AY885862 AY885863 AY885864 AY885865 AY885866 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Strain Wild Core Collection -
Induced Mutation Lines(NIG Collection) -
Sterile Seed Strain -
Lethal Embryo
Mutantion Strain
Stages in Each Organ
- Muant Lines (Gene)
Cultivated Varieties(NIG Collection) -
Stages in Each Organ -