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Reference Detail
| Reference | ||
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| Author | Lee,H.R., Zhang,W., Langdon,T., Jin,W., Yan,H., Cheng,Z. and Jiang,J. | |
| Title | Chromatin immunoprecipitation cloning reveals rapid evolutionary patterns of centromeric DNA in Oryza species | |
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Abstract: The functional centromeres of rice (Oryza sativa, AA genome) chromosomes contain two key DNA components: the CRR centromeric retrotransposons and a 155-bp satellite repeat, CentO. However, several wild Oryza species lack the CentO repeat. We developed a chromatin immunoprecipitation-based technique to clone DNA fragments derived from chromatin containing the centromeric histone H3 variant CenH3. Chromatin immunoprecipitation cloning was carried out in the CentO-less species Oryza rhizomatis (CC genome) and Oryza brachyantha (FF genome). Three previously uncharacterized genome-specific satellite repeats, CentO-C1, CentO-C2, and CentO-F, were discovered in the centromeres of these two species. An 80-bp DNA region was found to be conserved in CentO-C1, CentO, and centromeric satellite repeats from maize and pearl millet, species which diverged from rice many millions of years ago. In contrast, the CentO-F repeat shows no sequence similarity to other centromeric repeats but has almost completely replaced other centromeric sequences in O. brachyantha, including the CRR-related sequences that normally constitute a significant fraction of the centromeric DNA in grass species. |
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| Journal | Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | |
| Country | USA | |
| Volume | 102 (33) | |
| Pages | 11793-11798 | |
| Year | 2005 | |
| PubMed ID | 16040802 | |
| PubMed Central ID | - | |
| DOI | 10.1073/pnas.0503863102 | |
| URL | - | |
| Relation | ||
| Gene | CENH3 | |
| INSD | DQ058468 DQ058469 DQ058470 DQ058471 DQ058472 DQ058473 DQ058474 DQ058475 DQ058476 DQ058477 DQ058478 DQ058479 DQ058480 DQ058481 DQ058482 DQ058483 DQ058484 DQ058485 DQ058486 DQ058487 DQ058488 DQ058489 DQ058490 DQ058491 DQ058492 DQ058493 DQ058494 DQ058495 DQ058496 DQ058497 DQ058498 DQ058499 DQ058500 DQ058501 DQ058502 DQ058503 DQ058504 DQ058505 DQ058506 DQ058507 DQ058508 DQ058509 DQ058510 DQ058511 DQ058512 DQ058513 DQ058514 DQ058515 DQ058516 DQ058517 DQ058518 DQ058519 DQ058520 DQ058521 DQ058522 DQ058523 DQ058524 DQ058525 DQ058526 DQ058527 DQ058528 DQ058529 DQ058530 DQ058531 DQ058532 DQ058533 DQ058534 DQ058535 DQ058536 DQ058537 DQ058538 DQ058539 DQ058540 DQ058541 DQ058542 DQ058543 DQ058544 DQ058545 DQ058546 DQ058547 DQ058548 DQ058549 DQ058550 DQ058551 DQ058552 DQ058553 DQ058554 DQ058555 DQ058556 DQ058557 DQ058558 DQ058559 DQ058560 DQ058561 DQ058562 DQ058563 DQ058564 DQ058565 DQ058566 DQ058567 DQ058568 DQ058569 DQ058570 DQ058571 DQ058572 DQ058573 DQ058574 DQ058575 DQ058576 DQ058577 DQ058578 DQ058579 DQ058580 DQ058581 DQ058582 DQ058583 DQ058584 DQ058585 DQ058586 DQ058587 DQ058588 DQ058589 DQ058590 DQ058591 DQ058592 DQ058593 DQ058594 DQ058595 DQ058596 DQ058597 DQ058598 DQ058599 DQ058600 | |
| Strain | Wild Core Collection | - |
| Induced Mutation Lines(NIG Collection) | - | |
| Sterile Seed Strain | - | |
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Lethal Embryo Mutantion Strain |
- | |
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Stages in Each Organ - Muant Lines (Gene) |
- | |
| Cultivated Varieties(NIG Collection) | - | |
| Stages in Each Organ | - | |
